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怎样从primer-blast里选择合适的引物

从NCBI的primer blast里设计出的引物往往有很多对,但并不是每一对都有效,选择有效的引物有一些原则。
工具/原料

电脑

方法/步骤
1

首先一定要确保“Exon junction span”选项设置为“primer must span an exon-exon junction”,这是为了排除DNA污染。

2

产物长度一般设置为90-180为较好。

3

Tm值要在60℃左右,且正反引物的值要接近,不能差太远。

4

GC含量也要接近,不能差太多,一般在45%-55%之间较好。

5

自我配对不能太高。

6

越靠前越好,一般在前三对里选。

7

怎样看某对引物能不能检测出其它相似基因:在两条引物中,针对其他基因,一条引物突变碱基数大于等于3,另一条引物突变碱基数大于等于2,就不会PCR出其他基因。

8

最后进行PCR验证,能P出相应长度的条带就是有效的引物。

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