1.手术治疗到目前为止，结直肠癌的最有效治疗手段是手术切除。结直肠癌的主要治疗方法是施行根治性切除术，其他方式疗效极微。不能做根治术者亦应争取做姑息性切除术或减状手术。（1）手术禁忌症：1全身情况不良，虽经术前治疗未能矫正者；2有严重心肺肝肾疾患，不能耐受手术；3已有多处远处转移。但如仅有孤立性肺、肝、骨等转移，而原发灶又能切除时，仍可做切除术，术后2-3周施行肝叶、肺叶切除或截骨手术，或同时将原发灶和继发灶切除。（2）术前准备：1处理伴发病；2纠正水电解质紊乱和贫血；3控制饮食；4肠道准备，有报道用全肠道灌洗效果较好，术前不限制饮食，不需口服抗生素，仅在手术开始时肌肉注射或静脉推注抗生素一次；5阴道准备，已婚的女性直肠癌患者同时做阴道准备，术前2天每日用1‰的新吉尔灭冲洗阴道。（3）术式选择：Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期患者应做彻底的根治手术；Ⅳ期患者应争取姑息切除病灶（包括原发混和转移灶），无法切除者可考虑做肠吻合或结肠造瘘手术；无梗阻或仅有轻度不完全梗阻者，可做一期切除手术，有明显梗阻或病情不允许做一期切除时可考虑分期手术。
2.化学治疗化学治疗多用于手术中、术后辅助治疗，也常用于不能手术的晚期患者。常用抗癌药物有氟尿嘧啶（5-FU）、希罗达（xeloda）、奥沙利铂（oxaliplatin）、伊立替康（irinotecan）等。临床上治疗结直肠癌多数是联合化疗或添加调节剂。联合化疗可使约15%不可切除肝转移癌转化为可切除，从而提高这部分患者的5年生存率。
3.放射治疗放射治疗可用于直肠癌根治术前、术后或术中治疗，以加强局部控制，减少局部复发率和提高生存率。单纯放疗5年生存率仅5%-10%。多个临床试验证明，分期在Ⅱ、Ⅲ期（T3、T4）或（N1、N2）的直肠癌术前联合放化疗能提高切除率及局部控制率，常用化疗方案为FOLFOX或XELOX，放疗剂量40-60Gy/（4-6周），疗程结束后6-8周手术。
4.靶向治疗靶向治疗是指针对那些促进癌症发生发展的缺陷基因和蛋白的治疗方法。目前临床上用于治疗结直肠癌的分子靶向药物有西妥昔单抗、帕尼单抗和贝伐珠单抗等。这三种新药均属单克隆抗体。西妥昔单抗、帕尼单抗均通过竞争性结合表皮生长因子受体（EGFR），抑制酪氨酸激酶活化发挥抗肿瘤作用。而贝伐珠单抗则通过结合并中和血管上皮生长因子（VEGF）的活性，产生抗血管生成作用。EGFR的表达程度与西妥昔单抗的疗效并不呈正比；肿瘤组织K-ras基因突变的晚期结直肠癌应用西妥昔单抗非但没有增加联合化疗的疗效，反而降低其疗效，仅野生型K-ras基因表达的晚期结直肠癌应用西妥昔单抗获益。
5.热疗联合化疗（热化疗）或放疗（热放疗）治疗不能切除的晚期或复发性直肠癌。据有关研究显示，42℃高温联合化疗或放疗有明显协同作用，治疗后残存的癌细胞生长缓慢、分裂指数减少及繁殖能力下降，患者骶尾部疼痛减轻，病灶发展得到控制。
6.生物治疗结直肠癌的生物治疗尚处于探索阶段，临床上应用包括：细胞因子、单克隆抗体、免疫效应细胞、免疫刺激剂、基因药物等。上述方法治疗结直肠癌的疗效不肯定，基因治疗也还处于实验研究阶段。已有人成功用野生型p53基因在体外转染结直肠癌细胞株，使其生长明显受抑制，显示了p53抗癌基因在结直肠癌治疗中的潜在价值。
7.中医药治疗根据患者具体情况，辩证施治。首选的中草药有苦参、白花蛇舌草、半枝莲、凤尾草、藤梨根、拓木、羊蹄草；次选的有诃子、红藤、败酱草、苡米、白术、野葡萄藤。常用的方剂为生熟三黄汤加减。
8、综合治疗综合治疗是指以手术为主，辅以放疗、化疗、中医药或免疫治疗，可望提高疗效，有的病例可以考虑应用冷冻、热化疗、电凝等方法。