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RT-PCR技术操作流程

RT-PCR是利用反转录酶催化dNTPs聚合成与mRNA模板互补的单链DNA(即cDNA),以cDNA为模板在PCR反应系统中进行扩增,然后通过琼脂糖凝胶电泳法检测RT-PCR产物,从而间接检测mRNA的方法。
工具/原料
1

PCR仪、台式离心机、低温高速离心机、旋涡混匀器、稳压稳流电泳仪、水平电泳槽、紫外凝胶分析系统等

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Trizol试剂

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反转录酶

4

RNase抑制剂(40U/μl),0.1mol/L DTT

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随机引物或oligo¬-dT(18-20)

6

脱氧核苷三磷酸(dNTPs)

7

反转录缓冲液(5×)

8

Taq DNA聚合酶

9

特异性引物

10

PCR缓冲液(10×),含MgCl2

1.总RNA提取

DEPC处理水溶解RNA,-20℃保存,备反转录之用。

2.反转录
1

(1) 按下列组成调制反应液:    样品总RNA  1μg随机引物或oligo­-dT(18-20)    100pmol脱氧核苷三磷酸(每种dNTP各l0mmol/L)    1μl反转录缓冲液(5×)   4μlRNase 抑制剂 (20~40U/μl )  1μlM-MLV 反转录酶    20U    DEPC处理水    补至20μl    阴性对照用DEPC处理水代替RNA模板,其余成分相同。将上述反应成分加于0.5ml EP管中,混匀,短时离心。

2

(2) 将各反应管放入PCR扩增仪上,37℃ 60min,70℃变性15min。反转录产物于4℃保存备用。

3.PCR扩增
1

(1)按下列组成调制反应液:  Taq DNA聚合酶                          1.0U  cDNA模板                               1.0μl引物一对(各10pmol/μl)                   1.0μl  脱氧核苷三磷酸(每种dNTP各2.5mmol/L)   2.0μl  PCR缓冲液(10×,含MgCl2)                2.5μl  双蒸水 补至25.0μl    以反转录阴性对照取代cDNA模板作为PCR阴性对照,将上述反应成分加于0.2ml PCR管中,短暂离心,混匀。

2

(2) 将各PCR反应管放入DNA扩增仪,94℃5min,然后按以下条件进行热循环:94℃ 45s、56℃30s、72℃30s,循环30次,最后72℃延伸10min。

4.1%-2%琼脂糖凝胶电泳法检测RT-PCR产物

取PCR产物8μl 与 上样缓冲液2μl混合上样,适当大小的DNA Marker 一起电泳分离,溴乙锭染色,图像分析仪摄像并分析结果。

5.结果讨论
1

1.1%琼脂糖凝胶电泳记录结果。与DNA Marker相比,观察被检样品管的扩增产物位置,如与预期大小一致,且空白对照管中无扩增条带,说明本实验获得的条带与预期靶片段大小相符。

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2.此方法的优点是可以由少量的mRNA(从1~2个哺乳动物细胞提取的mRNA)构成cDNA文库,RT-PCR可使所需模板的mRNA量大大减少。因此,对于低丰度mRNA的cDNA克隆及cDNA文库的构建非常有利。

注意事项
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1.在整个操作过程中,应避免RNA酶的污染,所用器材都需经特殊处理,另注意温度的调控,避免RNA的降解或失活。

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2.抽提总RNA时应小心吸取上层水相转入EP管,注意勿吸取水相与有机相的界面层,此层含有DNA及蛋白质,会对PCR扩增有影响。

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3.采用热启动PCR可减少非特异性PCR产物和引物二聚体的生成。

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4.所提供的反转录试剂、PCR试剂会有所差异,具体的体系、反应的条件应根据实际情况调整。

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5.PCR扩增的退火温度,时间与延伸温度,时间应根据扩增引物的Tm值,扩增长度,特异性以及所用Taq DNA聚合酶决定。

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6.由于PCR技术的灵敏度高,极微量的污染也会造成扩增的假阳性结果。

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7.临床诊断用PCR反应必须在专门的PCR实验室中进行,实验室应包括试剂配制室、模板制备室、PCR扩增室和产物检测室等功能区。PCR实验中的各个步骤应在相应的功能区中进行。

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