10xGenomics单细胞转录组分析的核心就是聚类，但是单细胞转录组分析的聚类到目前为止还存在很多困难和挑战，具体可以参考文献Challenges in unsupervised clustering of single-cell RNA-seq data。这里介绍的聚类、亚群再分析使用的10xGenomics单细胞转录组最常用的seurat软件包。
方法/步骤
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10xGenomics单细胞转录组亚群细分策略 目前较为常见的方法有两种策略： （1）调整亚群分辨率 （2）亚群细胞提取出来，重新从头进行聚类
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（1）调整亚群分辨率 其实调整亚群聚类分辨率来实现亚群细分，官方Guided Clustering Tutorial手册有相关说明。
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（2）亚群细胞提取出来，重新从头进行聚类 这种方式就是要根据表达矩阵和聚类文件，把某一个聚类的所有细胞表达矩阵提取出来，然后重头分析一遍，提取表达矩阵需要两个文件：细胞以及对应聚类编号csv文件：一共两列，第一列为细胞barcode，第二列为聚类编号。 具体提取脚本，会有另外文章说明，这里不再概述。 提取表达量文件后，重新按照pipeline进行分析，得到聚类结果等。
注意事项
上述主要是针对单个样品的亚群细分分析，天津生物芯片提醒您，如果是有比较差异分析的话，还是需要提前表达矩阵或者S4对象，重新聚类、差异分析。
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