大厅中央之展品 赐名为“药王城”的巨型堆绣之作，则是由黄南同仁的20多位艺人花费四个月时间完成的经典之作。作品不仅能够凸显出唐卡的美丽委婉，而且还再显出唐卡艺术的博大肃穆。 最主要的还是莫过于它独特的制做过程。它的制做可是有别于我们常见的唐卡，如果你不亲赴此地，不进一步的去细细品味和斟酌，很难看出这幅佳作竟然是用色彩不异的轴段，经过精心裁剪作品所需的形状之后，才慢慢堆积粘贴而成的，在现实生活当中是很难欣赏的到噢。 我们可以看到作品中央身发蓝琉璃光的就是世界万事万物生灵的健康的主宰者“药师佛”，藏语译为桑杰曼拉。而它旁边的集聚的都是一些内道的僧人和外道诸神，这幅唐卡主要呈现的是药师佛为传讲藏医学，召集众神聚集此地聆听之状。，据说他所居住的这个方形无量宫则是由各种奇珍异宝和名贵的药材等稀世品筑造完成的，东南西北各设有四个宫门，分别由四大天王来守护，四面以药香环绕。
藏医史馆 藏医史管主要以图文并茂的向大家展现了作为世界医学宝库中的一朵奇葩——藏医学悠久而灿烂辉煌的每一幕。整个展馆通过藏医药发展的七个历史上时期的介绍，重现28位历代著名的藏医学家的事迹，雕塑及古老的医疗手术器械来勾勒出藏医药丰富而博大的医药文献给人类所做出的贡献。从中我们还可以欣赏一位位造诣高深，影响久远的名医对医疗疾病独特的治疗方法和精湛的医疗技术水平。展示世界四大传统医学之一——藏医学的神秘色彩。
曼唐器械馆 曼唐器械馆主要展出80副世界医学史上亦属罕见——曼唐，所谓曼唐就是医学的教学挂图。通过欣赏一幅幅医学佳作，不仅能够让大家了解到具有数千年历史的“藏医学者”对疾病独到的见解和精湛的医疗水平，还可以领略到生活在雪域高原的游牧民族，在医学历史长河上所创的医学理论。充分证明了藏民族的聪明和智慧。
古籍文献馆 古籍文献馆主要陈列的是数百部，世界四大传统医学之一“藏医药学浩瀚的典籍。内容不但丰富，而且博大，其中尤为珍贵的就是以传统藏纸为原料，并以金，银，珍珠，玛瑙等矿物为颜料历时四年书写完成的巨作“四部医典”手抄本，这巨作也可以说是医学界迄今体积最大的医药文献，极其具有欣赏价值。
藏医药标本馆 藏医药标本馆展示了分布在世界第三级青藏高原——稀释的动植物药材标本来充分展现青藏高原独特的自然环境中生机勃勃的药物生长环境。从中大家还可以欣赏到藏医学名著“晶珠本草”中所收藏的药物精品和以贡，金，银等为原料经特殊工艺泡制而成的，被誉为“甘露精华之王”的“佐太”样品。
天文历算馆 天文历算馆主要展现的不单单是历史悠久的古老手指记事法，结绳记事法，刻木记事法，而且还有古老神秘的历算工具和很难欣赏到的绝世精品“沙雕”时轮坛城，通过对一件件展品的展示，显现出的则是天文历算学在藏文化里绚丽多彩的一幕。
彩绘大观馆 彩绘大观馆乃是镇馆之宝所在之处，里面气势恢宏的展有荣获世界吉尼斯记录，并获有“藏文化百科全书”之称谓的“中国藏族文化艺术彩绘大观”。这是一幅卷长618米，世界唐卡艺术中名列前茅的作品。从它的策划到绘制，就整整花费了27年的时间，当时还是由青，藏，甘，川，滇五省区的四百多位藏，汉，土，蒙绘画大师以金，银，珍珠，绿松石等纯天然矿质为颜料和传统的绘画技法来绘制完成的一幅作品。
藏族民间艺术馆 藏族民间艺术馆再现一件件独具民族特色的工艺品，如金质，铜质，石质，木制等工艺品，然而每一件工艺品都展出千百年来，生活在这片土地人们是如何用他们勤劳的双手，在极其简陋的生产环境里创造出精美绝伦的藏式生活用具和光鲜亮丽的名族服饰，由于藏民族也是一个骑在马背上的民族，因此在参观的过程中大家还可以欣赏到很多古老的鞍鞯器具。
藏族书法艺术馆 藏民族书法艺术馆展出了自象雄达斯奔佑字，到公元七世纪吞米桑布扎创造的现行藏文。全馆主要借文字的形态，即每个字的横竖线条，用笔结构，无不凸显出藏文书法不同的时代风格，展现出了历代书法历史轨迹上的灿烂。
千佛殿 千佛殿设在博物馆最顶层，里面供有主尊和周围一千零八尊药师佛。据说药师佛乃释迦牟尼一千个化身当中的一个，为东方净琉璃世界的教主，也是祈求世间万物生灵的健康佛祖，藏语译为“桑杰曼拉”。
藏经阁 藏经阁内收藏有藏，汉两种文字的现当代佛教经典巨作之一“大藏经”及一些频临灭绝的的藏医药，文化，天文历算等方面的古籍残卷。我们与其把它说成藏有经文的小阁楼，不如说成是一个浓缩的佛家图书院。
镇馆之宝所在——彩绘馆不允许拍照。
严禁携带易燃，易爆品入馆参观。