增新阶段： 主要是在不触动原来的考试制度及科目的情况下增添一些“实学”考试科目。两广总督祁王贡（王贡应为一个字)于1843年奏请开设“制器通算”一科,贡生黎庶昌于1861年请开“绝学”之科，均被保守派阻挠，未得采纳。1875年，礼部奏请增加算学的考试科目，由于着力论证算学本是传统“六艺”之一，不属西洋专利，才得以通过。但直到1887年，才将明习算学人员归入“正途”考试，给予科举出身。1884年潘衍桐、左宗棠奏请开“艺学”科，仍遭守旧派反对。1898年 1月，贵州学政严修奏请设立“经济特科”，专门考取通晓天下利弊、中外交涉、擅长制造测绘等拥有一技之长之士，百日维新期间被朝廷采纳。
革旧阶段： 主要是针对传统科举考试的主项──八股文而言。明清两代对八股文取士的抨击不断，但都没有奏效。直至甲午中日战争后，民族危机空前严重，变法浪潮日益高涨，八股文的地位才开始动摇。康有为奏请废八股，改试策论；梁启超联合百余名举人上书请废八股取士之制，将国家屡遭割地赔款之辱归咎于八股文败坏人才上。1898年百日维新期间，朝廷下令废除八股，改试时务策论，题目涉及天文、地理、制造、声、光、化、电等学科，以及西方学校、财政、兵制、商务、法律等制度。这是对旧科举的重大改革，使近代科学文化知识正式成为科举考试内容。但这只不过是旧瓶装上一些新酒而已，并不能根本解决问题。而且科举的改革阻力极大，因为传统的考试内容已延续了数百年，整个旧知识分子界代代相传，埋头于举业文字，现在要大幅度改变考试内容，等于是要断绝他们中举入仕之路，必然遭到竭力反对。由于科举仍是学者最有吸引力的前途所在，即使是在京师大学堂这样的新式学校里，“士子虽稍习科学，大都手制艺一编，占毕咿唔，求获科第而已”。这也从反面说明科举制度是近代教育改革的主要绊脚石，已不是局部改良能解决问题的了。
废除阶段： 新学制的制定和旧科举的废除是同时提上议事日程的。最初，当局是想通过递减科举取士的中额、递增学堂取士的名额来逐步取消科举。1901年和1903年，张之洞会同他人，两次上疏提出这一主张。建议从下届丙午（1906年）科起，每届减少中额三分之一，也就是通过三科（即 9年）的时间取消科举，此后各省高等学堂毕业考试相当于乡试，京师大学堂毕业考试相当于会试。在过渡期间，对旧生员则尽可能安排进修出路，或赐予虚衔以示安抚。
科举废除，意味着由封建王朝扶植的“学而优则仕”的传统教育体系的彻底崩溃,旧式学校或消亡、或改制
京师将原有的八旗学校全部改为八旗高等小学堂，并相应配备设置初等小学堂，保证了八旗子弟率先普及初等教育