STM32的时钟系统共有三个主要的时钟源：HSI 8MHz RC时钟源，频率为8MHz；HSE高速外部时钟源，可接晶体或者外部时钟源，输入频率可变，4MHz~16MHz；PLL锁相环。另外还有两个额外的时钟源：LSI RC 低速内部时钟，频率仅40Hz；LSE低速外部时钟源，只能接频率为32.768KHz的晶体。所以归结起来，STM32共有5个时钟源。对于PLL锁相环，从图中可以看出，它有两个输入源，一个是HSI/2，一个是HSE，可先选择除频系数然后选择倍频系数，均为2~16倍。这里要注意的是STM32也有很多不同的系列，所以时钟系统也有差别，这里主要针对的是STM32F3X系列。
HSE 时钟，高速外部时钟可由两个输入时钟源产生，一个是外部晶体或陶瓷谐振器。一个是用户直接输入对应频率的时钟。关于这两种接法请参考下图：需要注意的是如果是选择用户直接输入4M~32MHz的时钟需要是高精度的时钟源。
HSI 时钟，它由一个8MHz的RC振荡器产生并可以直接应用为系统时钟或者二分频后作为PLL的输入。它的优点是成本低，没有额外的电子元件。并且它的启动时间要高于HSE时钟，据我测试的经验，后者是秒级大概2s左右，而前者是ms级，在10-20ms间。但因为较为快速的启动时间，所以时钟源的精度是要比外部时钟源低很多的。所以也导致了它的不同应用，通常情况下，为了系统的快速启动，软件设计之初会采用HSI时钟，而在2S后外部时钟源稳定则切换至HSE时钟。
LSE时钟，它是一个32.768KHz的低速外部时钟源，它的优点是可以提供低功耗但是高精度的时钟源给RTC或者一些其他计时功能。
LSI时钟，它是一个低速的可以带来低功耗的时钟源，它和LSE时钟都不能作为系统时钟源，它主要是让系统可以在standby模式可以独立的运行watch dog和RTC。时钟源频率为40KHz但精度却在30KHz和60KHz之间，因此选择它也是有代价的，RTC的误差会被放大很多倍。
PLL时钟，它的时钟输入源可选择为HSI和HSE，倍频范围为2~16倍，但是输出频率范围却被限制在16-72MHz。 请看下图，有一个USB clk的部分，STM32中有一个全速功能的USB模块，其串行接口引擎需要一个频率为48MHz的时钟源。该时钟源只能从PLL输出端获取，可以选择为1.5分频或者1分频，也就是，当需要使用USB模块时，PLL必须使能，并且时钟频率配置为48MHz或72MHz。
STM32系统时钟很复杂，但要想真正理解一颗芯片的工作原理，时钟这块是必须重点关注的。