你是否会遇到用MEGA作图出现No Common Sites等问题呢？那么试试PAUP作图吧~
工具/原料
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MEGA
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PAUP
方法/步骤
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先将基因家族的蛋白质序列整理并导入MEGA软件
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然后再通过Align by Muscle的方法，将蛋白质的序列进行比对
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将比对好的结果另存为如图格式，方便下一步利用PAUP建树
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将保存的文件XXX.nexus格式，导入PAUP软件中
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这次暂时只介绍NJ建树法。 导入后，首先确定外群的名字，假如外群为>PT1，那么输入 outgroup PT1 按下回车（注意outgroup后有英文的空格）
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然后按下命令行Set criterion=distance 回车再按下命令行 Bootstrap search=nj nreps=1000 keepall 回车然后 contree 回车 这时候会出现进化树的图，如下图所示
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最后一步保存，Savetrees from=1 to=1000，然后就会保存在桌面了，为XX.tre格式
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最后用ITOL在线网站http://itol.embl.de/login.cgi ，处理XX.tre图，以获得自己最理想的图形。ITOL功能很强大哦，能做出各种组合图，可以加上各种颜色的。
注意事项
一定注意是英文空格！！！~~
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