职务等级工资制指按照工作人员所任职务分等级确定劳动报酬的一种基本工资制度。工资标准的等级差别，是根据职务高低、工作繁简、责任大小和业务能力等因素综合估量后确定的。实行一职数级、上下职务间有一定交叉的办法。每个工作人员都只能在本职务的工资等级区间内提升工资，只有晋升职务才能进入高一级职务的工资等级区间。
分配模式单一，激励性不强 现行事业单位的工资增长与调整，由国家根据财政状况、国民经济发展统一进行，由政府人事部门统一制定分配模式并须经逐级审核批准。这种工资分配管理模式，使事业单位职工工资收入与社会服务质量、社会信誉、经济效益脱节，缺乏激励机制，没有利益驱动力，难以调动单位和职工两个方面的积极性。外部激励措施不健全
薪酬和考核联系不紧密，形成新一轮“平均主义” 事业单位的薪酬结构分为基本工资、津贴补助项目和活的部分，其中基本工资及津贴补助项目执行的是国家、地方统一规定的标准，相对比较稳定，属于保障因子；奖金作为活工资的部分与员工的绩效挂钩。按绩效考核结果来计发。
人力资本薪酬收入与市场价格不符 由于事业单位长期沿用国家统一的工资标准，工资水平的确立也脱离了市场价位，缺乏竞争力，其中最具竞争力的核心职位、关键职位上的优秀人才的薪酬水平更远远低于市场价位，因此，现工资标准已不能有效地体现各类人才的市场价格。如相同性质的人力资本进入不同的工作单位的薪酬比较，进入事业单位从事研究工作的与进入外企从事研发工作的薪酬收入之比相差十几倍甚至更多。
遵循薪酬激励的科学原则，建立公平合理的薪酬制度 要用好薪酬这一激励的手段，发挥它的最大效用，还需要讲究一些原则和方法，以达到既节约人力成本，又达到调动员工积极性，实现组织的目标。因此，在进行薪酬激励时需要遵循一些科学合理的原则。
经济性原则。事业单位所有的收入都是由市镇财政拨款的，国家和地方政府一直担负着很大的包袱，而国家的财政能力是有限的，所以激励薪酬的设定要与市镇的财政能力相当，最好能为国家节约人力资本。
公平原则。员工对薪酬激励机制感觉公平时会得到良好的激励并保持旺盛的斗志和工作的积极性；当员工对薪酬机制感觉不公平时可能会采取一些类似降低责任心、辞职等消极的应对措施，不再珍惜这份工作，对单位的亲和力降低，寻找低层次的比较对象以求得暂时的心理平衡，因此，需要对事业单位所有岗位员工的职责以及市场上相应职位的薪酬水平有一个比较充分的了解，并在此基础上依照公平原则进行薪酬激励机制的设计。
目标原则。在薪酬激励机制中，设置一个一定的薪酬水平所要达到的某种激励目标是一个关键环节，目标设置必须体现设置这种薪酬的初衷。比如，哪种水平的薪酬要使享受这种薪酬的人为组织做出怎样的成绩，要达到“酬有所值”。
弹性原则。保持薪酬激励的灵活性，市场经济是以市场来实现资源的优化配置的，其优势在于它是一个以供求关系来平衡的动态过程。这就要求在进行薪酬激励的时候，要掌握好固定收入和浮动收入的比例，并且固定薪酬和浮动薪酬的比例应与岗位的特点相结合。一般而言，岗位对组织总体的目标绩效影响越大，则该岗位薪酬的浮动比例越大，反之则越小。
完善市场薪酬的调查，建立符合文化事业单位的薪酬制度 在事业单位薪酬制度的设计中应引入现代薪酬管理理念，现代薪酬管理是将公平理论应用于薪酬制度，即外部公平、内部公平和个人公平。因此，在事业单位薪酬制度的设计中要实现这三种公平。薪酬政策外部公平实现的关键是要为事业单位的各个工作岗位确定一个与市场水平一致的薪酬标准，要实现与市场接轨，就需要对市场薪酬进行调查。薪酬调查是现代薪酬管理的重要内容和技术。
完善以岗定薪的基本薪酬制度 首先，在单位机构中设置工作岗位和明确岗位职责，在基本薪酬中要保障岗位薪酬和岗位在单位整个岗位系统中的相对价值，不同的岗位实行不同的薪酬，要通过岗位体现人才价值。其次，在事业单位内部要对每一类岗位都进行严格的岗位评估，根据各岗位对单位的贡献大小，难易程度等进行综合评价，以决定单位中的各个岗位相对价值的大小，从而确立一个合理、系统、稳定的岗位等级，并以此为基础确定各个岗位的薪酬级别和相互之间的薪酬之差。
完善绩效考核制度，配合事业单位薪酬制度改革 建立以能力和业绩为导向、科学合理的绩效考核机制，确定客观公正的绩效考核指标，结合工作岗位流程和完成工作质量，使不同工作岗位上的员工的工作业绩得到合理的比较，实现绩效考核结果和员工的薪酬收入真正挂钩起来，使薪酬中的活的部分活起来，充分发挥事业单位薪酬制度的激励和导向作用。
目前中国正在进行人事制度改革，逐步推行人员的聘用制，作为人事用人制度配套工程的薪酬制度，在推行聘用制之后也必然作出相应的调整，由于事业单位的多样性以及复杂程度较高，因此，完善事业单位的薪酬制度需要逐步深入，结合现代企业薪酬制度的建立，积极稳妥地推进事业单位薪酬制度的改革。