克莱尔从CELL的数据库中得知Alpha-Ceph是其能量来源，普若非在靠近他时看到了Ceph不想让他看到的东西，可能普若非也可以通过这种方法进入他们的思想寻找弱点，塞可知道纳米服的维修地就在纳米服的剥离实验室内。
纽约的唐人街已经变成了一片沼泽地，冷月残楼之下到处是杂草和浅水，CELL士兵散布其中，用匕首杀掉一个以后，其他敌兵没有发现普若非，上报时对方回答AI系统已经发出了红星升起（red star rising）的警告，CELL的士兵惊慌一片，匆忙撤离。普若非和塞可都不知道这个代号代表着什么意思，普若非让塞可查明代号的含义，克莱尔和瑞希都断线了，普若非需要独自穿越这片区域。塞可让普若非去收集情报，以获取剥离实验室的文件，并搞清是谁脱下了他的纳米服。这片区域很多地方都部署了地雷和自动机枪塔，如有时间可全部控制，通过隐身和复合弓就不会惊动CELL，按着任务提示去几个不同的地点获得情报，不久克莱尔的通讯恢复，提到电磁脉冲炸弹影响了通讯，瑞希擅离职守。
往前推进一段后，在某个仓库前大门突然被打开，几个身上着火的CELL士兵走了出来，后面是Ceph的烈焰者（Scorcher），消灭以后继续前进，克莱尔通报军情，穹顶内Ceph正在大肆屠杀人类，不远处的Ceph大多可以远程控制后取消其敌意或变成友军，从敌区穿过后进入工厂，来到实验室里和塞可会合，塞可把纳米服类比成Ceph的外骨骼，在实验室里找到维修点后普若非躺在了手术台上，开始手术以后可以听到瑞希的声音，他说对属性进行根本性的改变，这样的做法总是非常冒险的，但是为了击败具有先进科技的敌人，除了变成他们以外别无选择。为了确保安全，纳米服的设计者在多巴胺受体上安置了一个阻拦器，以保护纳米服使用者的心智不受影响。如果没有这个阻拦器，Ceph的集体意志将会吞噬纳米兵。不久手术结束，多巴胺阻拦器被取出。
最后塞可在屏幕上发现了一段视频，原来克莱尔正是当年剥离塞可纳米服的人。克莱尔解释说她是因为塞可才背叛CELL，当时她为了偿还债务，不得不这么做，每天听着人们的惨叫声，毕生活在这段挥之不去的记忆里。普若非劝塞可说克莱尔是被迫这么做，塞可反唇相讥，认为普若非确实是个服从命令的机器，缺乏人类感情，整天带着头盔，甚至没有自己的脸庞。普若非说谁都要做出牺牲，塞可将以前那些纳米兵的狗牌扔给他，认为他当年为了服从命令，害死了每个人。面对这种说法，普若非无言以对，两人分道扬镳。《孤岛危机3》险象环生文字攻略介绍到这里。