细菌基因组通常比较小，大多在5Mb以内，建议采用Pacbio RS II平台测序1个cell，获得800Mb-1.4Gb的数据，然后对三代数据进行单独组装获得基因组完成图。以基因组大小5Mb的细菌为例，测序1个SMRT Cell即可获得160多*的覆盖度。 真菌基因组大小浮动范围相对较大。大多数在40Mb以内，建议采用Pacbio RS II平台测序测序4-8个cell，获得3.2Gb-8Gb的数据，进行全基因de novo拼接。以基因组大小为38Mb为例，测序8个SMRT Cell即可获得至少168*的覆盖度。三代平台的测序错误来源于随机误差，因此可通过增加数据覆盖度显著降低错误率。根据Pacbio官方提供的参考标准，当细菌/真菌基因组覆盖度大于80*时，碱基准确度已接近99.999999%（QV70），即相当于每一千万个碱基中约发生一个碱基错误。以上研究方案在碱基准确度、基因组覆盖度及组装结果方面均可获得较好的结果。
方法/步骤
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产品优势1，无GC偏好性，对于GC%正常菌株和GC%异常菌株，Pacbio RSII平台均可获得高质量测序数据；2，可获得0 gap基因组完成图，1个contig=1条染色体；3，对于包含质粒的菌株，不仅可获得完整的细菌/真菌染色体基因组，还可同时获得完整的质粒基因组序列。
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案例分析 目前已经采用PacBio RS II平台开展的细菌和真菌物种有：嗜麦芽寡养单胞菌，金黄色葡萄球菌，大肠杆菌O104，乳酸菌，空肠弯曲菌，金黄色葡萄球菌，绿脓假单胞杆菌，梭状芽胞杆菌，耐辐射螺旋体菌，番茄溃疡病菌，淋病奈瑟氏菌，钩端螺旋体，甲基盐菌，赭色锁掷酵母，木拉科酵母，马克斯克鲁维酵母，葡萄穗霉，胶囊青霉，黄萎病菌，甘蔗鞭黑粉菌，艾滋病毒，茎菌属，肠道沙门氏菌，幽门螺杆菌，北里孢菌，嘴突脐孢，尖端赛多孢子菌，可杀死种传黄萎病菌等。如下表统计了应用PacBio RS II平台开展的微生物全基因组de novo项目。表1. 应用PacBio RS II平台开展的微生物全基因组de novo项目（统计结果截止2015年11月）
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天津生物芯片利用Pacbio平台，对某种GC含量高达70%的细菌（分离自土壤）进行基因组完成 图测序，仅用了1个cell获得超过1Gb的测序数据量，实现该菌基因组100X以上测序覆盖。实验人员通 过Pacbio数据De novo拼接获得该菌的基因组完成图序列，随后利用Illumina平台进行了位点校正，最终获得高准确性的基因组完成图。
注意事项
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样本的及时性
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取样的低温型