1、侵犯软件著作权罪瓶颈一：严重性不及暴力型犯罪，公安机关不愿意受理
对杀人、强奸、抢劫等严重犯罪，公安机关以及全社会都给以足够的重视，这在任何一个社会都是非常必要的，因为它直接关系到我们每一个人的安宁。但这并不意味着就可以对其他的非暴力的案件不给以应有的重视，知识经济时代的到来、加入WTO的国际大环境应当使我们对软件著作权犯罪的严重性给予充分的认识。但是，在司法实践中，我们往往对于这些暴力型犯罪要求限期破案，对于侵犯软件著作权罪这样的案件却没有放在应有的重视程度上。
2、侵犯软件著作权罪瓶颈二：维权成本高昂，权利人较少采取
软件盗版犯罪是一种经济犯罪，版权人遭受的损失主要是经济利益，在盗版侵权行为被查获之后，版权人最关心的是能否得到足额赔偿，其次才是盗版者是否会继续进行盗版活动。实践中，侵犯软件著作权罪的立案要求证明标准、侵权扣押程序等，致使版权人往往无法挽回因盗版所造成的巨大经济损失，这也使得版权人在其权利被侵犯后更倾向于提起民事诉讼，以便运用财产保全、先予执行等法律手段保证其经济利益，但民事诉讼无法满足软件版权人的需要。虽然我国规定了侵犯软件著作权罪，但由于立案要求高，维权成本高昂，权利人仍然难以进行有效维权。
3、侵犯软件著作权罪瓶颈三：取证难，公安机关专业技术有待提高
对侵犯软件著作权罪难于侦破的主要困难在于取证，我国刑法认定侵犯著作权罪的主要标准是违法所得数额，盗版者为了规避法律的制裁，多采取低价、分散的销售方式，即使是盗版软件批发商的库存一般也不过上千张，这就使得实践中执法机关由于难于证明其违法所得数额达到法定起刑点而无法将其转入刑事司法程序。此外，对于软件盗版犯罪中存在的高科技因素，执法、司法机关明显缺乏有效侦查手段，往往依赖被侵权人或者被害人提供线索以及认证的技术力量，致使刑罚手段严重滞后，不利于发挥刑罚的最佳效应。公安机关也不愿意处理侵犯软件著作权罪案件。
4、犯软件著作权罪瓶颈四：突击式打击盗版软件，效果难以持续
各地政府部门打击盗版的主要形式有：集中力量，在一定时间对市面游商进行收缴;集中一段时间针对某一种特定对象进行清理;接到被侵权人或举报人的举报后，对盗版进行查处。 这样的方式在取得很大成绩的同时，弊端也同样明显。以工商局为例，工商局作为国家的工商行政管理机构，事物性工作繁忙，不可能将打击盗版作为一项常设性工作任务，而版权局虽然是直接管理单位，但由于缺乏自己的管理组织网络，往往力不从心。
综上，虽然我国法律明确规定了侵犯软件著作权罪，但在司法中的上述瓶颈，导致在司法中侵犯软件著作权罪的价值和作用没有充分发挥，只有解决了上述瓶颈，侵犯软件著作权罪的才能更好起到打击软件侵权的目的。