1、航行的主体不同过境通行制度适用于所有船舶，不论商船或军舰；而无害通过基本适用于商船，关于军舰的无害通过在国际上有争议。过境通行既适用于船舶也适用于飞机，而无害通过仅适用于船舶，飞机没有无害通过的权利潜水艇在行使无害通过权时，必须露出水面航行并展示其旗帜，而在过境通行时没有此种限制，即可以在水下航行。2、适用的范围不同过境通行适用于公海与专属经济区的一部分与公海和专属经济区的另一部分之间的用于国际航行的海峡；无害通过适用于领海。3、是否可以被沿海国终止不同特殊情形下，沿海国可以终止外国船舶在本国领海的无害通过。过境通行权不受沿海国的阻碍或中止。扩展资料：船舶和飞机在行使过境通行权时，必须：1、必须继续不停地、迅速地驶经或飞越海峡；2、避免对海峡沿岸国的主权、领土完整或政治独立施加任何武力威胁或使用武力，或以任何其他方式违反联合国宪章所包含的国际法原则；3、避免作以通常方式进行不间断地和迅速地航行所附带发生的活动以外的任何活动，但因不可抗力，因遇难或为拯救遇难时所必需者不在此限。防止非无害通过的方式：1、制定关于无害通过其领海的法律和规章制度，但要符合该公约和其他国际法规章；2、设置禁渔区或其他区；3、暂时规定在某一领海区域禁止无害通过；4、规定无害通过的航区；5、建立监测监视制度；6、进行海上巡逻；7、对可疑船舶进行登临、检查、搜查、扣押或者必要的执行和处理；8、对确定进行非无害通过的船舶或者军舰限期离开领海等。参考资料来源：--过境通行权参考资料来源：--无害通过权
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