慢性炎症产生的原因尚不得而知。一般来说，持续感染或受伤是部份原因，一些炎症性食物也可导致发炎。此外，疾病既是炎症的诱因，也是炎症导致的结果，例如炎症性关节炎就使患者陷入无限制的恶性循环中。
但除了这些常见原因外，还有一些不为人知的因素也会引起慢性炎症。
肥胖：发胖会导致体内的脂肪细胞出现炎症反应。密西根大学内科系教授雷蒙德.扬介绍说，随年龄的增长，体内肥胖组织内的细胞也在老化，这种情况可触发炎症。在年青人中，肥胖本身似乎激起了脂肪细胞的求救信号，指令免疫系统对抗根本不存在的威胁，从而出现了炎症反应。
压力：压力与炎症一样，也分急性和慢性。扬教授说，急性压力是在紧急情况下产生的，而慢性压力则是通过一个糟糕的婚姻或紧张的工作等慢慢形成的。众所周知，压力会导致炎症。应激激素皮质醇在调控炎症反应上起关键作用，但慢性压力会抑制这种激素的能力，使炎症无法被察觉。慢性压力也会增加某些炎性白细胞的生成，增加了炎症相关疾病的风险。
吸烟：抽烟对肺部的刺激也会导致轻微炎症，使现有的肺部问题更为恶化。一些专家相信吸烟导致肺部出现的慢性损伤和炎症可能是细胞开始变异，最终引起肺癌的原因之一。吸烟已被证明能增加某些发炎因数，包括白细胞数量上升以及C-反应蛋白的升高。幸运的是，在戒烟的几周后不同发炎因数含量将急剧下降。同时，空气污染也会对肺部产生类似影响。
肠胃道细菌：人体70%的免疫细胞都存在于肠道中，因此肠道细菌能以不同的形式影响到免疫系统。扬教授说，肠胃道中的细菌可抑制或启动炎症，取决于它们属于哪种细菌。这就是为什么医生爱用益生菌来调节肠胃道炎症反应的原因。研究人员尚未完全了解这种相互作用，但他们正在探索环境和饮食结构的改变对体内微生物决定炎症的影响。而细菌群引起的炎症比其它疾病更为严重，例如爱滋病。
饮酒：当酒精被分解进入人体后，会产生有毒的促炎性副产品。由于肝脏深度参与了酒精的分解过程，它可能特别容易受到饮酒过度的影响。过量饮酒的后果之一就是脂肪肝。脂肪的堆积可导致肝脏慢性发炎，最终引起肝炎或肝硬化。