（一）当事人自己收集 诉讼中的极大多数证据是由当事人自己收集的，这符合民事诉讼的一般规律。软件的权利人要证明侵权人的侵权事实成立，须有一定的与诉讼请求相对应的证据。从另一方面讲，权利人要启动诉讼，首先要有起码的认定被告侵权的初步证据，否则，影响诉讼的启动和继续深入进行。权利人自己收集证据，应注意以下几个方面： (1) 证明自己是权利人及权利范围的证据。我国《民事诉讼法》第108条规定，原告应是案件的直接利害关系者。表现在软件侵权诉讼中，原告应是该被侵权软件著作权、专利的所有权人，或软件著作权、专利权的独占、排他许可合同的被许可人。 (2) 证明软件侵权行为发生及危害程度的证据。这是软件侵权诉讼比较关键的证据之一，也是较难收集的证据。目的是通过取证，让已经发生的，或正在发生的软件侵权行为，以证据的形式固定下来，以便在法庭上“再现”侵权之事实。 (3) 证明侵权人身份的证据。《民事诉讼法》规定，诉讼须有明确的被告。在实体胜诉方面，须该被告是侵权行为的实施者。对被诉的侵权企业（或个人）真实的全称、住所地或主要营地，等等，都须完整和可靠地证实，并取得相关的证据材料。 (4) 证明侵权行为的证据。侵权行为地是确定管辖法院的依据，证明侵权行为地的证据对认定侵权行为也起着证明或佐证的作用，侵权行为地分为侵权行为发生地和侵权行为结果地。当两者不一致时，就需要收集两地的证据。 当事人在自己收集证据时，常常会碰到一些单位不愿直接向当事人提供证据，如涉及到一些原始发票、报表而向有关部门调查时。为此，部分人民法院从1997年起，在民事经济审判中开始试行“调查令”制度，即当事人在民事诉讼中，因客观原因无法涉及某证据时，可以向法院提出申请，由法院签发给申请人的诉讼代理律师调查令，该律师可以持令向有关部门调阅和复制证据材料，被调查单位可涉及公安、工商、银行、档案、、税务、房产等部门。
（二）公证机关协助收集 当事人自行收集的证据，有时受到客观时间、地点、条件的限制，很难全面地反映事物的全部信息，如证据取得的过程、时间、地点等的反映；再如，存在于因特网上的侵权软件，因软件的脆弱性决定了其作为证据保存及证明其存在时期的难度。此时，由公证机关对证据及收集过程等予以公证，以证明被收集的证据之客观性就显得十分必要了。国家对此也有专门的规定。 目前，对公证收集证据上，争议最大的是公证员何时亮出自己的身份。实际的做法有三种，一是，从公证工作的开始，就表明公证员的身份。此做法最大的障碍是，当被调查人是侵权人时，其会权力地阻挠证据收集，甚至会销毁证据。二是，获取调查结果时，告知被调查人公证员的身份。采用此法，有时也会发生上述问题。三是不告知身份，直接出公证书。此最大的问题是，在法庭上，侵权人将以公证程序不合法为由抗辩，以否认该证据的效力。考虑到当前执法环境的状况，在此问题上法院的要求不是很苛刻。只要没有相反的证据，一般均认可公证书的效力。
（三）调取行政执法部门收集的证据 权利人可以向行政执法部门如版权局、知识产权局等，举报著作权、专利权被侵权之事，由行政部门查处。行政部门查处过程中收集的证据，以及处罚决定，都将可以成为法院受理侵权赔偿案件证据的来源。
（四）请求法院保全证据 当事人向法院起诉后，在证据可能灭失或者以后难以取得的情况下，可以向法院申请保全证据。通常的做法是，由当事人提供初步证据，证明侵权的存在，并申请保全证据。法院立案后，将审查当事人的请求和担保，根据案件的实际情况作出是否准予的决定。如准许，即发出民事裁定，并由专门人员执行。
如果软件侵权物以单独的载体独立存在的，如非法复制的磁盘光盘，执行人员可以直接查封和加封并提走侵权样品。此时同样适用于侵权设备、工具和生产记录、帐册等。