小提琴图怎么分析
工具/原料
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小提琴
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图片
方法/步骤
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之前,一直想写篇介绍小提琴图画法的文章,为此,我提前做了“埋伏”,写了和两篇文章,算是“伏笔”。
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看过这两篇文章后,再看小提琴图就变得非常简单了,因为它就是箱线图与核密度图的结合体。
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“你必需非常努力,才能看起来毫不费力”。铺垫了那么久,就是为了今天的一“带”而过,所以,今天就假设大家都看了那两篇文章,直接学习小提琴图的画法。
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用R画小提琴图,有两个包:vioplot和ggplot2。本文用到的数据为一段时间内温度、湿度,风力的数值,仍可按做箱型图理解。下面对这两种画法做个比较。
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此外,和核密度图一样,在组学研究中小提琴图也可以用来比较不同样本间基因的表达丰度,我明天会把我的数据上传到论坛,大家可以用自己试着做图。本文的图其实也可以进一步做更精细的调整和美化,由于篇幅关系,这里不做赘述。
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stipplot函数中的参数jitter是默认为True的,即数据点会沿着x轴方向抖动,这样就避免数据点分布成与y轴平行的几条直线了。下面是运行结果
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盒图是在1977年由美国的统计学家约翰·图基(John Tukey)发明的。它由五个数值点组成:最小值(min),下四分位数(Q1)中位数(median),上四分位数(Q3),最大值(max)。也可以往盒图里面加入平均值(mean)。
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