动植物基因组denovo测序基因Pacbio 单分子实时测序技术,对动植物基因组进行Pacbio 测序及拼接组装(纯三代组装),较好解决了传统测序组装技术难以解决的高杂合度、高度重复区域、异常GC含量区域等诸多组装难题,极大提升大基因组的组装指标,重新定义Contig N50、Scaffold N50指标——采用纯三代组装的基因组组装指标,是过去二代测序策略的10-20倍。
工具/原料
1
样本抽提DNA/RNA试剂盒
2
建库试剂盒
3
三代测序仪:Pacbio RSⅡ 或 Pacbio Sequel
4
组装分析软件:Falcon
方法/步骤
1
一、技术路线
2
二、生物信息分析 1. 原始数据质量评估 2. 基因组组装 3. 基因组注释 4. 进化分析 5. 重测序或转录组联合分析
3
三、结果展示 1.软件使用 FALCON HGAP(Hierachical Genome Assmebly Process) 2. 版图展示 图1.1所示,全基因组拼装后预测重复序列;
注意事项
样品要求: DNA总量〉10 µg;浓度〉20 ng/µL;260/280为1.8~2.2