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AMMI模型分析流程

农业上一年多点数据的分析基因与环境互作的模型有很多,现在应用比较广泛的模型有AMMI模型和GGE模型,本节主要讲解AMMI模型的数据格式、分析流程以及结果解读。
工具/原料
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数据:一年多点数据,有3列数据:地点、品种、产量

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统计软件:GenStat

方法/步骤
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基因与环境互作检测的必要性:在品种推广之前,都需要对环境进行多地点多年限鉴定,来测试品种的产量水平和适应性,即基因与环境互作。如果品种与环境互作明显,则说明对地区有特殊适应性,只能在特定地区推广才能发挥增产作用。 品种效应显著而互作效应小的品种具有广泛适应性的丰产性品种,适于大面积推广。

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AMMI模型的应用:以前经常采用线性回归模型,但它的假定是基因与环境互作与加性环境指数呈线性关系。但是它仅能解释一部分变异,并且当自变量(环境指数)和因变量(单个品种的均值)彼此不独立,模型就无法成立。 近来,一种更为有效的主效可加互作可乘(AMMI)模型开始流行应用。AMMI通过从加性模型的残差中分离模型误差和干扰,提高估计的准确度。并且借助于双标图可以更直观的描述和分析基因型与环境互作模式。

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数据:•现有四个环境,194个品种的产量数据,求基因与环境互作,查看品种的丰产性和适应性。分为三列:环境(地点)、基因型(品种名)、产量。 一个地点一个品种仅有一个观测值,这是数据分析后得到的品种BLUE或BLUP或平均值。 数据可以有有缺失值。

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GenStat菜单:Stats/Meta analysis/AMMI

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将基因型、观测值、环境导入对应的框中。 •在option中,选择输出方差表、分数值,点击ok设置成功,运行。

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AMMI模型作图结果;

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方差分析结果:1、可以看出基因型和环境均达到极显著。2、互作效应中,主成分1和主成分2均达到极显著和显著水平。

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环境分析分析结果;1、环境的均值和IPCA得分2、环境的观察数、均值、方差

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基因型分析1、品种的基因型均值、IPCA1和IPCA2值2、可以对均值或者IPCA进行排序,查看品种的丰产性和适应性。

注意事项
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GenStat是英国洛桑试验站开发的,没有汉化,不支持中文

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数据要按照列来排序

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其它的分析模型,是GGE,这个可能更火一点

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