首先讲一下飞船对决，玩家在太空航行时属于暗遇怪式作战，即随时随地都有可能发生两艘飞船之间的判定。这主要取决与船只之间的关系和派系影响。 两艘飞船之间见面并非你死我活，当玩家好感度在对方飞船的派系中为正数时，对方会采取撤退Retreat或友善交流Acknowledge。当数值为0时，多数为撤退。
当对方为派系海盗时，若派系好感度过高则海盗会主动撤退。当好感度为0或负数或对方为独立派系的船只时，则有可能出现多种选项，包括反向勒索（降低派系好感）、贿赂（当判断值足够时，对方的军舰或海盗会提供撤退选项，每次贿赂为500元、有部分派系军舰不接受贿赂、亦有部分船只死活都贿赂不成）、撤退、迎击等。
在一些强制战斗的场合中，玩家必须强行迎击或直接投降（至今没试过，甚至不知道会不会触发Game over或者 Bad end的东西），包括派系好感度过低、双方派系存在刺客对决状态、遇上Xeno（不论在飞船战抑或陆上战都极其强悍的生物对手，前期遇到必须想办法逃生。）、剧情战等。
这里以遇上Xeno为例，部分职业的船员可以透过点出空间跳跃领航员Hyperwarp navigator的技能talents-skip off the void虚空逃亡以避免强制战斗，但此举会消耗大量燃料。而且该Perk为次数限制，下次使用必须要停泊补给后才能补充，除非你有两名船员拥有相同的perk。
如果没有达成上述，那么就会被强制拉入战斗。飞船战的核心在于距离、武器、技能以及随时观察双方飞船的状态。移动鼠标至飞船可以观察飞船附加的Buff/ Debuff，其中包括命中率accuracy、装甲百分比shield（事实上这个数值越高，对方攻击出现Miss率越高）、防御百分比defense（对方武器击中后造成的伤害减免）
战斗的结果主要取决于飞船的血量Hull值，击毁飞船则会令飞船解体从而胜利。另外亦有不同的胜利计算方式，包括其中一方的引擎engine被击毁、飞行员系统pilot失效等等，但当中只有引擎的状态可以观察，而触发方式主要依靠重击效果的次数和命中率。故玩家在幸运的状态下可以快速结束战斗甚至以小吃大。
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游戏时长不宜过度，会有害健康。