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蛋白质三级结构预测-同源建模(SWISS-MODEL)

Swiss -model是一个完全自动化的蛋白质结构同质建模服务器,可以通过ExPASy web服务器或从程序DeepView (Swiss Pdb-Viewer)访问。这个服务器的目的是让全世界所有的生命科学研究人员都可以访问蛋白质模型。
工具/原料
1

电脑

2

数据

方法/步骤

通过百度,进入SWISS-MODEL界面,点击“Start Modelling”,开始建模。

方法/步骤2

进入序列输入界面,在空白处输入目标序列(格式必须是FASTA、Clustal、纯字符串或有效的UniProtKB AC),之后点击“search for templates”,等待生成templates。

方法/步骤3

然后勾选合适的模板,点击“build MODELs”

方法/步骤4

随后进入建模过程,下图便是输出的结果。

方法/步骤5

结果分析:首先是查看他的3D图,这时你只需要点击一下左边的图形,然后就会在右边显示他的3D图,这时你可以用鼠标拖动右边的3D图,就可以全方位看他了

方法/步骤6

值得注意的是,这里还有详细的配体介绍,而且将光标移到某个配体,右边3D便只会显示这个配体在该结构中的位置。

方法/步骤7

其它:你还可以看到这个建模的详细评估,只要点击如下图所示的Structure Assessment便可。

注意事项
1

注意模板的选择

2

若是帮到了你,关注~~~~谢谢

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