粪便、各类秸秆、菌渣等有机物质
菌种，我这里用的是真农酵素菌
备料。菌渣、各类畜禽粪便、秸秆等皆可，注意干湿度的调整。以便与菌充分混合。水分较大的（如半流状）加些其他干料混合，以便发酵制作过程中保证其通气性（酵素菌为通气好氧性）。干料范围很广泛，例如秸秆粉、花生壳粉、木粉（锯末）等皆可。有其他可发酵的有机物也可放到一起制作。注：不要加尿素、氢铵等化学肥料。因为这类酸碱度高，会影响菌的繁殖
将备好的料放在地面上拌均（水泥地面最好）。水分掌握在40%~60%之间,判断方法为：手抓一把料，见水不滴水，落地即散为宜。如果含水量太高，要在发酵堆上撒入麦麸、玉米秸秆等辅料来降低鸡粪的含水量；如含水量太低，应添加新鲜的鸡粪或撒些水。
接菌。按每立方发酵原料加2-5公斤酵素扩繁菌的配比比例，与菌种混合均匀。我这用的真农酵素菌扩繁菌，如果用别的菌种可以根据厂家配比要求搭配。
把接菌拌好的物料堆成高度、长宽度适当的自然堆，高度约1-1.2米，长和宽均为1.5-2米见方，堆肥的体积一般在1.5立方米。堆好后，保湿发酵。物料不是太湿的话，表面喷洒部分水分亦可。不要用塑料布等不透气的东西遮盖。以上操作，有条件的在室内更好。这里体现出用酵素菌的好处：这是一种好氧菌，不用密封处理，操作更加简单。
翻堆，控制好湿度温度。发酵堆会自动升温到55℃以上，维持5到7天，这时就能杀死大部分寄生虫卵和有害菌，达到无害化处理标准。每两天左右翻堆一次，给予透气增氧，温度不要超过70度。
发酵10天左右可用（不同的环境温度可能有差别）。腐熟好的标准是：有机肥的颜色变为深褐色或黄褐色，堆肥内部的有机肥表面附有大量的白色菌丝，无生鸡粪、无蛆虫、无臭味，并带有轻微的氨味。
在发酵物表面覆盖一层10厘米左右的细碎秸秆或撒一层过磷酸钙，可以减少氨气的蒸发，避免养分的损失。
发酵过程中若遇大风，顶部要覆盖秸秆等透气物，以减少水分的蒸发和温度的散失。
畜禽粪便存放时间过长或厩肥中秸秆、杂草较多，粪便较少，可适当加些菜籽粕、尿素或者新鲜鸡粪，增加氮的含量，调高碳氮比，加快发酵速度，提高肥料质量。
堆肥的pH值应控制在5.5-8.5，如果堆肥pH值低于5.5，就是过于偏酸性了，可适当添加生石灰进行调节。
如堆肥发酵过程中出现水分偏高，透气性差，可在发酵堆的中间插几根秸秆帮助透气。