在游戏的开始，Jensen受到了一群全副武装的雇佣兵的袭击。他的伤势非常严重，唯一保命的办法就是在自己身上加装人工附件，这部分剧情或许你已经在之前放出的预告片中看到了。这个剧情与游戏的过程紧密相连，随着游戏剧情的推进，你可以升级Jensen的能力，这将对你接近游戏中的各个地区产生至关重要的影响。在一次通关过程中你不可能将所有的能力都加满，也就是说玩家必须选择集中升级哪种能力才是最适合自己游戏风格的。你是更喜欢潜行到战斗区域给毫无防备的敌人来个一击毙命呢，还是更倾向于把大量的子弹射向对手的身上呢？或者相比武器掌握，你更喜欢在黑掉敌人的电脑系统方面有所建树？这就像个RPG一样，完全取决于你在《杀出重围3：人类革命》中的选择END
主线任务：真相和决定 任务攻略
1：简森做飞机来到敌人的信号源，准备关闭信号已解救所有的强化人。
2：飞机下来后来到一个***，有个下水道，下面有些东西可拿。如何进入房间：周围不是有很多集装箱么，我是先跳上低的集装箱然后一步步到高处，再然后绕到房间上方的一个洞口，进去后再从通风口下去。
3：走进房间，前去2楼，先把机器人破解化敌为友；然后从破窗户跳进去来到目的地。之后BOSS出现，我是直接说服了他，我一般说服别人的步骤是：先讲道理，在同情，在强硬；一般这三轮下来就被说服了。
4：然后就是在房间里按照地图任务标示挨个关闭信号源，路途中会有很多的丧失理智的强化人，用重机枪最好，我是直接靠近一个台风爆炸系统，然后跑开恢复能量后有一个台风爆炸系统解决之。
5：最后让你做电梯深入地下500米。下去后碰见最后的BOSS：赵MM。刚开始会有很多机器碉堡，掩护过去后把中间那个机器上的所有按钮都关闭了并且把电脑破解之；之后出来很多丧失理智的强化人，跑跑打打，用解决之；最后轮流出现一些机器人，靠近后用台风爆炸系统解决之。都打完了，看见赵MM在台上吊着，于心不忍，就射了她几枪，游戏结束。
哦对了，最后结束后会让你做个选择，科技是把双刃剑，一直都是；我想选择向所有人解释真正的真相。某些科技的出现（克隆、机械强化、人工智能等等）到底是好是坏，只有最后才知道；不过我是倾向于支持变化的。