基于KEGG数据库中蛋白和蛋白之间的相互作用关系，构建基因的相互作用网络图，结果样式如下图：
方法/步骤
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点：图中每个点代表一个基因。
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颜色：对于两分组（例如实验组和对照组），红色的圆点为上调基因，蓝色为下调基因，对于多分组（例如 组1，组2，组3），由于差异基因不分上、下调，所以紫色的点为差异基因。
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连线：两个基因之间的相互作用关系用一条连线来表示，连线上的字母为两者相互作用关系类型的简称，例如c代表compound，详情可参考网络分析方法说明(GCBI-学院-帮助-网络分析方法学说明.pdf)对于无箭头方向的实线，表明两者的相互作用关系有没有方向性的（例如compund 简称c）。对于有箭头方向的实线，表明两者的相互作用关系有方向性的（例如active 简称a），箭头起始端为上游基因，箭头末端为下游基因。对于有箭头方向的虚线（indirect 简称ind），表明两者的相互作用关系有方向性，箭头起始端为上游基因，箭头末端为下游基因，但两者的作用关系是间接作用。对于有平头标识的实线（inhibition 简称inh），表明两者相互作用关系有方向性，平头的起始端为上游基因，平头末端为下游基因，且上游基因对下游基因是抑制作用关系。
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数量：一般基因数量建议控制在500-1000左右，数量太少可能会由于关系少，连不成网络图，数量太多网络图会太大，不便于后续挑选。
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挑选：根据网络图中点的面积大小来挑选基因，点的面积越大，说明基因在网络中越重要，是网络中的核心基因，可以挑选核心基因做后续的验证试验或进一步分析，同时还可根据关注的基因来挑选，如上图中PIK3CG，PLCB3是网络中的核心基因。