培育无病壮苗 使用前应当进行熏蒸杀虫，可用15%异丙威，每亩200～300g/次；铲除杂草，四周不种植感病植物，以减少蓟马数量和控制感染源。同时定期监测蓟马，及时进行防治。棚室中悬挂黄、蓝色粘虫板防控。培育无病壮苗、及时拔除病株、远离烟田等都是重要的防病措施。
番茄苗期和定植后管理 由于蓟马获毒后需经一定时间才传毒，因此发现蓟马后及时使用杀虫剂治虫防病最有效，药剂可选用10%虫螨腈乳油2000倍液，或5%氟虫腈悬浮剂1500倍液，或10%吡虫啉可湿性粉剂2000倍液，或2.5%菜喜悬浮剂1000倍液，或1.8%阿维菌素2500倍液，或0.3%印楝素乳油600倍液，或25%阿克泰水分散粒剂2000倍液等喷雾。药液喷到茎基部把寄生在根际部的蛹杀灭效果更好。
加强栽培管理 收获后及时清除病残株和棚室内外杂草，搞好棚室附近露地蔬菜病毒病和蚜虫的防治。适期播种，培育无病壮苗。在番茄分苗、定植、绑蔓、打杈前先喷1%肥皂水加0.2%~0.4%的磷酸二氢钾或1∶20 ~40的豆浆或豆奶粉，预防接触传染。农事操作中手和工具应及时消毒。
防治蚜虫 棚室张挂防虫网，防止传毒蚜虫进入，或挂银灰色塑料膜条、镀铝聚酯反光幕避蚜。发现蚜虫及时喷药防治。
生物方法和综合防治 利用钝绥螨等可有效控制西花蓟马的数量，在温室中每7天释放钝绥螨200～350头/m2，可完全控制蓟马为害。释放小花蝽也有良好的效果。这些天敌在缺乏食物时能取食花粉，所以效果比较持久。番茄用铝膜覆盖可减少33%～68%的蓟马，斑萎病毒病的发病率可下降60%～78%。
药剂防治 喷洒5%菌毒清可湿性粉剂400倍液或0.5%抗毒剂1号（菇类蛋白多糖）水剂300倍液、20%毒克星可湿性粉剂400～500倍液、83增抗剂100倍液、植物病毒钝化剂912，每667m2用药粉75g，加水15kg喷洒，此外也可选用弱毒疫苗N14和卫星核糖核酸S52，对预防TMV、CMV及复合侵染有一定效果。