一、反渗透系统安装前的膜元件保存：膜元件出厂时，均真空封装在塑料袋中，封装袋中含有保护液。膜元件在安装使用前的储运及运往现场时，应保存在干燥通风的环境中，保存温度以20—30C为宜；应防止膜元件受到阳光直射及避免接触氧化性器体。
二、安装在压力容器中的反渗透膜元件的短期保存：短期保存方法使用于那些停止运行5天以上30天以下的反渗透系统，此时反渗透膜元件仍安装在RO系统的压力容器内，具体步奏如下：1）用给水冲洗反渗透系统，同时注意将气体从系统中完全排除；2）每天运行1—2小时，关闭相关阀门，防止气体进入系统。
三、安装在压力容器中的反渗透膜元件的长期保存：使用于停止运行30天以上，膜元件仍安装在压力容器中的反渗透系统。保护操作的具体步骤如下：1）清洗系统中的膜元件；2）用反渗透产水配置杀菌液保留于系统中，应确认系统完全充满；3）如系统温度低于27摄氏度，应每隔30天用新的杀菌液进行上步的操作；如系统温度高于27摄氏度，则应每隔15天更换一次保护液（杀菌液）；4）在反渗透系统重新投入使用前，用低压水冲洗系统一小时，在恢复系统正常操作前，应检查并确认产品水中不含有任何杀菌剂。
四、反渗透膜的消毒：杀菌剂的杀菌速度（条件为20C时去除99%的孢菌）。不同浓度的杀菌器以及接触时间如下：杀菌剂：2%甲醛溶液 ； 接触时间：12小时杀菌剂：0.2%的过氧化氢溶液； 接触时间：25小时杀菌剂：5%的过氧化氢溶液； 接触时间：2—3小时杀菌剂：10%的过氧化氢溶液； 接触时间：1—2小时杀菌剂：1%过氧化氢和400mg/L的过醋酸溶液； 接触时间： 0.5—1小时。
1，膜元件的清洗必须由专业人员进行操作，建议清洗前咨询膜元件的供应商或是生产商。
2，进行化学清洗时请注意防止化学药剂伤害操作人员，必须采取相应的防护措施，诸如防护眼镜防护手套及相应的防护服装，尤其是在使用某些腐蚀性较强的化学药剂时，需要格外注意。