信息不通和跟风种植是首要原因。农产品本身的需求是很有保障的，但是农户并不知道种植什么农产品最符合市场，往往是看到今年什么卖的好就扎堆，大家都种植一种农产品就会导致供大于求的现象，结果就是辛苦劳作生产的农产品最终砸在手里，令人痛心疾首。加上传统农业的线下销售模式单一，农户的农产品往往只能局限于当地，滞销就不足为奇了。目前农产品上行正在发展，通过线上销售的模式拓宽农产品销售渠道。目前，阿里、京东、社员网等企业纷纷进军农产品上行市场，对于农户来讲也是一个很好的机会。
品种同质化问题，这实际上关系到农产品的品牌建设。在我国这个农业大国，市场上最不缺的就是农产品，物类丰富必然难逃竞争。同样是土豆，如果没有自己的特点和优势，消费者不会专门去买单，买谁家的土豆不是买。有些农产品企业理解消费者需要的是绿色无污染的农产品，但是这本就是农产品应该做到的，而不应该作为一个特色来讲，一味强调这些最基本的东西效果反而适得其反。我国地广农户多，每个地区种植的农产品都有自己的地域特点，气候的差异同样会对农产品的品质造成影响。以苹果为例，不同产区的气候、地势等因素使得苹果的口感、甜度都有自身的特殊性。陕西的红富士和山东烟台的红富士给人带来的味觉感受就是不一样的。农产品同质化问题，需要根据农产品的自身的地域特点去包装，打造品牌，成为有特色的农产品，方能得到消费者倾心。
食品安全问题。这也是影响农产品销售的一个重要原因。从三聚氰胺和地沟油开始，人们对食品安全问题开始忌惮。农药过量、打蜡苹果、染色橙这些事件使得农产品也背上了安全问题的重负，让消费者心有余悸。农产品安全问题，需要各方努力去解决，把口碑做好，让消费者重拾信任和信心。
农产品自身的特性也影响了农产品销售。农产品与其他产品的最大区别在其存储期上，放置时间长了很容易变质，尤其是一些瓜果蔬菜，放置一晚可能就坏掉了。农民如果不及时销售出去，必然遭受损失。