MOE
<分子对接>对接一个分子，使用DockAtoms函数DockAtoms [recatoms, siteatoms, ligatoms, outfile, [outrmsd:1,csearch:1,sel_ent_only:0,maxpose:30,wall:['',0,[0,0,0],[1000000,1000000,1000000],0],placement:'Triangle Matcher',placement_opt:[timeout:300,nretpose:1000 ],scoring:firstscore,scoring_opt:scoreOpt,refine:refinemethod,refine_opt:refineOpt,rescoring:secondscore,rescoring_opt:rescoreOpt,remaxpose:30,dup_placement:1,dup_refine:1]];对接mdb数据库(包含多个分子)，使用DockFile函数DockFile [recatoms, siteatoms, ligatoms, outfile, [outrmsd:1,csearch:1,sel_ent_only:0,maxpose:30,wall:['',0,[0,0,0],[1000000,1000000,1000000],0],placement:'Triangle Matcher',placement_opt:[timeout:300,nretpose:1000 ],scoring:firstscore,scoring_opt:scoreOpt,refine:refinemethod,refine_opt:refineOpt,rescoring:secondscore,rescoring_opt:rescoreOpt,remaxpose:30,dup_placement:1,dup_refine:1]];这一部分看不懂不要紧，看看第4节的实战经验就懂了。
<加氢>moebatch -exec 'run WashMDB['conf_out_0030.mdb', 'mol', '../add_H_Charge/Enamine_conf_out_0030.mdb',[esel:0, opendbv:1, destfield:'mol', namefrom:'src', namefield:'', onecomp:1, salts:0, fragfield:'salt', depracids:1, protbases:1, neutralize:0, hydrogens:'add', tautotomers:1, enumsize:100, enumdup:0, seqfld:'pseq', depict:0, scale:0, verbose:1]];'<加电荷>moebatch -exec 'run PartialChargeMDB['$mdbFile','MMFF94*','','',[esel:0,add_h:0]]'<能量最小化>moebatch -exec 'run db_Minimize['$mdbFile', 'mol', [esel:0, gCCCC:0.1, keep_chiality:0, rebuild:'Minimize', add_h:1, pot_charge:1]]'这一部分也看不懂？快看看第4节的实战经验吧。
<技巧(绝招)>要想了解更多函数，可以查看MOE手册。不过这里，我想教给大家一个技巧：先打开MOE图形界面进行常规操作，如药效团筛选等，执行完后，点击MOE窗口中的SVL菜单，来查看刚刚运行的命令吧。なに！SVL命令窗口中没有记录？大丈夫ですよ。你可以在常规操作一次，快速点击Cancel菜单看看正在执行那个函数吧。ちょっと待って，程序运行太快没看清？那就增大MOE的运算量吧，比如：我是怎么知道智能选择蛋白的函数是 _SelectA['','$$receptor'] 的呢？导入一个200aa左右的蛋白，智能选择蛋白(右击|select|receptor)一下子就OK了，在Cancel中根本就看不到，那么你可以一次性导入30个蛋白试试看吧(100个看的更清楚哦，嘿嘿)。