物理消毒方式(1).无菌水消毒：使用无菌水等水质好的水源作为供水。因为储水瓶中长时间静置会形成生物膜，所以要定期换水，但需定期对水瓶进行消毒，且成本高。(2).防回吸装置：安装单向阀或其他防回吸装置，但75%防回吸装置会失效。(3).微生物过滤膜：出水口安装细菌过滤器。可以减少菌落含量，但无法去除已形成生物膜，容易堵塞，必须定期更换。(4).抑菌材料管路：采用抑制生物膜生成的材料，但只能抑制生物膜形成，不能根除生物膜。
化学消毒方式(1).高浓度消毒液定期消毒常见的消毒剂有过氧化氢、含氯消毒剂(次氯酸钠、二氧化氯等)等。但过氧化氢化学成分不稳定，易分解，且价格昂贵不适合日常使用；含氯消毒剂对金属材质有较大腐蚀性，通常表现为穿孔腐蚀，降低设备的使用寿命，一定要注意冲洗，同时，二氧化氯也会导致管路中真菌滋生。(2).低浓度消毒液持续抑菌常见的消毒因子有过氧化氢、弱酸性电解水、低浓度碘离子等。低浓度过氧化氢对细菌、真菌、病毒等都有杀灭作用，但杀菌效果有限，无法根除生物膜；弱酸性电解水含有次氯酸根，可以有效抑制生物膜产生并且有一定腐蚀性；低浓度碘离子有轻微毒性，水的颜色气味会略有变化。
活氧水代替氯消毒(1).活氧水比氯使用更简单，它是一种单一的消毒剂，含氯消毒剂必须当日配制，当日使用，不可存放。(2).活氧水能够去除管道表面上的生物膜，其中大多数细菌是在这里生存和繁殖，而氯消毒只会去除新形成的生物膜或顶层膜。(3).活氧水的分解附属产物是环保的氧气和水，而氯可以形成 600 多种副产物，其中一些是致癌的。(4).进行活氧水消毒是更容易操作，工作人员进行剂量计算率更容易，并且由于不需要中和，因此减少了在现场花费的时间。(5).活氧水消毒杀菌的速度是含氯消毒的3000倍，消毒杀菌力度是含氯的50倍。
一个单独的细菌是很容易被一般的抗感染手段杀死，但是一旦形成了生物膜，细菌有了严密的组织架构, 他们就会很难被杀死或移除。