选择有机咖啡传统咖啡中多半会含有农药，选有机咖啡为宜。选择咖啡时，尽量不要喝特调或含香料的咖啡，因为许多特调的咖啡添加了人工香料，喝入太多会增加身体负担。
不加糖、奶精或奶国外一些连锁咖啡店的大杯冰咖啡，每杯大约含20克的糖，速食店中的冰咖啡每含约30克的糖。如若喝太多含糖量高的咖啡，就容易使体重上升、干扰人体内的代谢。喝咖啡不加糖，可防止肥胖。但注意，有人喝咖啡时虽然不加糖，却加入了奶精或奶油，或喝含奶精的二合一咖啡，而很多奶精或奶油并不是天然的脂肪，吃多影响身体代谢。觉得黑咖啡太苦，可适量加点鲜奶，以中和咖啡的苦味。
自己研磨咖啡豆研成粉后，里面的物质因接触到氧气和湿气就容易变质被氧化，新鲜度大减，而且咖啡中抗氧化的物质可能消失。所以最好是买生的咖啡豆，然后在家把咖啡豆磨成咖啡粉，这样可以让咖啡保持新鲜，咖啡的抗氧化物质也比较不会流失，更完整地保留了咖啡的养份。
一日一杯为宜1天1杯咖啡的量指的是1天饮两百二十六克黑咖啡，不是咖啡连锁店里那种为了口感好而在里面加了一些水果或香草浆的冰咖啡。1天1杯咖啡对不少原来1天饮用5杯、10杯甚至15杯咖啡的人来说，若每日饮用的咖啡量减到1杯，应循序渐进。
不过也有营养师认为，如果喝咖啡喝到出现身体颤抖、睡眠有障碍，甚至感觉压力重重，说明喝得过量了。这时就要适当调节自己的摄入量，避免对身体产生不良影响。
切忌在空腹时喝咖啡，因为咖啡会刺激胃酸分泌，尤其是有胃溃疡的人更应谨慎。咖啡作为一种饮品，饮用时，要根据个体情况适可而止，总的来说在营养学中还是强调均衡饮食而少用辛辣刺激食物。
高血压患者应避免在工作压力大的时候喝含咖啡因的饮料。因为咖啡中的咖啡因可能导致血压上升，若再加上情绪紧张，就会产生危险的相乘效果。
咖啡中的单宁酸，会让钙吸收降低。所以，喝茶和喝咖啡的时间，最好是选在两餐当中。
儿童不宜喝咖啡。咖啡因可以兴奋儿童中枢神经系统,干扰儿童的记忆,造成儿童多动症。
习惯大量饮用咖啡的人停止饮用咖啡，会出现头痛、易怒、肌肉紧绷和神经过敏等症状，而摄入咖啡因才症状消失。