我国现行税务行政复议制度存在的问题是多方面的，既存在体制因素导致的制度建设缺失问题，又存在实践中制度执行不到位的问题，集中表现为以下几个方面：
工具/原料
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税务行政复议
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税务行政复议制度
方法/步骤
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（一）复议过程不够公正 目前的税务行政复议多以书面、案头审查的方式为主，复议机关依据复议双方当事人所提交的材料做出决定。在整个复议过程中，缺少复议双方当事人的当场对质与辩论的程序性规定，不利于复议机关广泛听取多方意见。同时由于行政复议机构本身缺乏相对独立性，与原作出税务处理决定的税务机关隶属于同一税务机关，导致纳税人以及其他涉税当事人对税务行政复议结果的公正性产生质疑。
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（二）制度不规范、不健全 在整个税务行政复议过程中，某些特定环节的制度已经建立，但是这些制度的具体条款或存在缺失，或存在不规范，从而不能很好地解决本环节所面临的制度需求，操作规范不完整。
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（三）手段单一、审查力度弱 税务行政复议从性质上来说是一种准司法程序，不仅要对被申请复议的具体行政行为进行合法性审查，同时，还要进行合理性审查，这个要求比司法程序仅对合法性进行审查（结果显失公正的除外）的审查任务要重。
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（四）税务行政复议前置条件过严 在实际执行过程中，尤其是稽查案件的查处和执行中，部分纳税人就是否应该缴纳税款与税务机关存在重大争议，又因资金困难等客观因素确无能力缴纳税款或提供担保，直接导致该纳税人丧失行政复议的权利。同时，由于该纳税人未经行政复议，也就间接丧失了提请行政诉讼的权利。正常法律救济途径的堵塞，可能导致部分纳税人的极端维权行为，如上访等，不利于从根本上维护纳税人的合法权利，也不利于征纳矛盾的化解。
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