按干细胞种类划分，可以分为胚胎干细胞、脐带血干细胞、骨髓干细胞、脂肪干细胞、 皮肤干细胞、外周血干细胞等，一般不同的干细胞治疗的疾病方向也是不一样的，胚胎干细胞具有万能的分化潜能，所以具有治疗一切疾病的潜力，脐带血干细胞具有多功能的分化潜能，具有治疗多数疾病的潜力，骨髓干细胞也具有多向分化的能力，脂肪干细胞、皮肤干细胞等只具有定向分化的潜能，所以只能治疗与自身相应疾病的能力。
按照排异性种类划分，干细胞治疗分为自体干细胞治疗与异体干细胞治疗，以往的干细胞治疗多数是采用自体干细胞治疗为主，但是最终科技的进步与对干细胞进一步的认识，发现自体干细胞治疗存在着很多的缺陷，所以干细胞治疗不断的走向了异体干细胞治疗，异体干细胞治疗又分为配型性干细胞治疗与非配型性干细胞治疗。配型性干细胞治疗是走到与自己抗体配型相同的干细胞来源，才能进行干细胞“移植”，否则会有排异反应。非配型性干细胞治疗是指用本身不具有抗体反应的干细胞，进行异体移植，这种干细胞任何人都可以使用，避免了异体干细胞治疗来源短缺的弊端。
各国都在不断的开展脐带血库的建立，就是为了进行异体非配型性干细胞治疗做好基础，脐带血干细胞不仅具有很多的先天优势，同时唯一的优点是，自身的免疫功能还没有分化或分化的程度不较低，不会与异体细胞产生排斥反应，为异体非配型性干细胞治疗提供了机会。
按照治疗种类划分，干细胞移植治疗与干细胞注射治疗，骨髓移植本质上就是干细胞的移植治疗，比如干细胞治疗软骨修复，就是干细胞的注射治疗，以后干细胞的注射治疗是一种趋势。
按照不同种类的疾病划分，可以分为软骨治疗、骨头治疗、心脏病治疗、肝病治疗、神经性疾病治疗、糖尿病治疗等等。随着生物医疗技术的不断突破，将会有更多的新批准的干细胞药物面世，将会为更多的疾病带来治愈的新机会。