（一）扰乱市场经济秩序中，影响社会经济健康发展。“小金库”的存在，违背了科学发展观的要求，破坏市场经济公平交易、平等竞争原则，影响社会诚信体系建设，扭曲了市场对资源的合理配置，扰乱了市场经济秩序，挤占了国家资源，造成了政府非税收入被非法转移，加重了企业和个人税费负担，侵蚀了国家税基，分散了国家财力，削弱了政府宏观调控能力，干扰了国家经济政策的运行，影响了国家经济的健康发展。
（二）阻碍改革的深入推进，严重破坏党政党风。“小金库”的存在，阻碍财税体制、工资制度、人事制度、审批制度等各项改革制度的顺利推进，造成了公务消费节节攀升，导致名目繁多、花样番新的公款吃喝及公费旅游等奢侈浪费现象，助长了形式主义、官僚主义、拜金主义、享乐主义的歪风，严重破坏党风党政，破坏社会风气。
（三）损坏群众的切身利益，影响社会和谐发展。“小金库”的存在，助长了一些地方和部门的吃拿卡要行为的经常发生，导致乱收费、乱罚款、乱摊派现象屡禁不止，造成有法不依、执法不公，行政不作为甚至乱作为等现象比较突出，直接损害群众和企事业单位的利益，影响了党群干群关系，危害社会和谐健康发展。
（四）滋生腐败现象，影响党和政府的形象。“小金库”具有极强的隐蔽性，一些部门和单位将非法收入转移匿藏其中，作为部门利益团体和个人谋划取私利的来源泉，为请客送礼、铺张浪费提供经费便利。“小金库”成了一些利益团体和个人中饱私囊、损公肥私的“供应站”，甚至演化成挪用、贪污等腐败问题的温床，严重损坏了党和政府的威信和形象，削弱了党的执政基础。
（五）造成国有资产流失，严重影响企业正常生产经营。“小金库”的存在，造成一些国有企业肆意截留或转移企业各种收入，致使企业国有资产流失，企业效益缩水，给国家财产和集体利益带来巨大损失。“小金库”违反财务管理制度，致使出现“两本账”、“多本帐”，甚至假帐，“小金库”的资金游离在财务、审计监督之外，一定程度上扰乱了经济秩序，甚至造成企业财务会计信息失真，影响企业对成本控制决策和经营管理，严重影响企业正常生产经营。