一、薪资和能力的矛盾 部门经理；“你们人力资源部招的都是什么人？最基础的事情都做不好，我怎么去带着干活？” 人力资源部门：“我们也没办法，董事会要求控制人力成本，工资结构就在这里，能招到人就不错了。” …… 在人力资源部门来看，员工是企业发展的资源，但在财务部门来看，员工薪资必然只是生产成本。为了控制好成本，公司高层自然会尽量去压低员工的工资，这让薪酬制度的合理化背上了难以避免的包袱。
二、家族企业困境 老员工：“你们人力资源部门怎么定的？前两天才来的那个大学生，一个月3500？他没什么工作经验，又专业不对口，凭什么比我高？” 人力资源部门员工：“没办法啊，那个大学生是老板老婆家的一个亲戚……” 在中国，带有家族色彩的企业不胜枚举，无论是碍于面子还是从现实考虑，企业老总也需要在薪资上有所照顾。但天下没有不透风的墙，消息传出去之后，员工马上就会感到薪资制度的不公平，很多员工就会因此消极怠工，这对企业而言相当不利。
三、薪资调整问题 员工A：“听说了不，销售部曹经理跳槽了。他可是销售经理啊。” 员工B：“当然了，听说调薪本来是加20%，但老板想要照顾其他经理，只同意加10%。结果……” 调薪是所有企业内部都最为敏感的事情，调整得好，企业整体的效率都能得以提升；调整不佳，则会造成人才严重的流失。尤其是那些骨干员工，一旦他们在职业发展上遇到瓶颈，不能晋升职位，也就难以加薪，为收入考虑，他们也只能选择离开。
四、同岗不同酬 老员工B：“四年了，现在一个月工资才四千多，新来的那个小孟，跟我一样的活，为什么他能定五千的薪水？” 由于劳动力情况、市场情况和企业情况的变化，同岗不同酬的事情并不奇怪，面对这些问题，人力资源管理者能够理解，但企业员工却经常不能理解，结果导致薪酬制度面对困境。
五、工资结构变化 车间组长：“向大家通报一个坏消息，以后工资全部改成计件，做多少给多少钱，以前按工时定额的规矩又改了。” 由于企业的区域不同、行业不同、产品不同，面对的市场情况不同，工资结构经常有发生变化的需要。这也为HR制定和调整薪酬制度带来了客观压力。
六、绩效考核是否有用 员工C：“的绩效考核到底什么意思哦？每个人要拿出30%的工资来考核，不达标就扣钱，我看这是逼人走啊！” 近年来，都将绩效考核置入了薪资制度之中，尤其在其中设置了明确而严厉的扣分制度，但其中奖励内容却往往无法兑现，结果，员工听到绩效考核就感觉厌烦，认定绩扣工资而找的理由。