不要预先将肉类加热至半热，留待以后再用微波炉加热至全熟。这样做虽可减短开饭前所需烹调时间，半熟的食物中细菌没被杀死，既使放入冰箱，细菌仍会生长。第二次再用微波炉加温时，因时间太短，可能不能将所有细菌杀死，而吃坏肚子。所以，忙碌的家庭厨师若要节省烹调时间，仍以将肉类烹熟，放在浅容器中，或以冷冻食品塑料袋包装，将其冷冻，食用时先在冰箱中或微波炉中解冻，再加热食用为佳。
已在微波炉中解冻之肉类及家禽，不可再冷冻。因在微波炉中解冻，事实上已使外面一层开始低温加热。在这种低温下，细菌可能已繁殖到一危险的数量。虽然再冷冻可使繁殖停止，却不能将活细菌杀死。所以，已用微波炉解冻之肉类，必须加热至全熟，如不吃，再收入冰箱。
不要用一般普通塑料容器放入微波炉加热。虽然塑料自身不被加热，但热的食物会使容器变得很烫。这些塑料容器在高温下可能放出毒素，染污食物。
使用微波炉时，应注意至少离炉0.5米以上，眼睛不要看着炉门，不可在炉前久站。食物从炉中取出后，最好先放几分钟再吃。
不宜将折叠的金属放在微波炉中。折叠的金属在微波加热的情况下会产生电弧（火花），当微波使金属累积电能，捏成一团的金属使电流跳过空隙，并产生电弧。如：用铝箔折成的小球放在微波炉加热时，表面用出现火花。
此现象对现代微波炉而言不容易产生危害，但仍有风险且使用金属容器会影响加热效果
平面的金属若置于微波炉中亦不可碰到炉壁，否则电流经炉壁传回磁控管，并使磁控管熔化，引致短路。
使用微波炉加热脂肪含量高的食物，如：含有大量脂肪的猪肉时，应在容器上方加上盖子，以免脂因过热喷离肉类至炉内部。
不可将保鲜膜与食品一起加热。若使用保鲜膜，应选择“不含有PVC”或“可用于微波炉加热”者，并避免直接碰触到食物。PVC经加热会释放出氢氯酸，有机会附着在食物上。
不可把带壳的全蛋直接入微波炉烹调，因为蛋壳不透气，加热会因内部气压增加造成爆裂。
加热液体时应避免单独入微波炉加热，要放置搅拌棒等以助热能释放，加热后不应立即取出，以免突沸灼伤。