原理：蛋白质在电场中支持物上的迁移率差异主要依赖于样品中各种分子携带的电荷，分子大小与形状的差别。聚丙烯酰胺凝胶电泳系统加入阴离子去垢剂SDS，蛋白质的迁移率主要取决于分子量大小。蛋白分子量与电泳迁移率间的关系：logMr=LogK-bm=K1-bm，式中Mr为蛋白质的相对分子量、K，k1为常数，b为斜率，m为迁移率。测定某种蛋白质的分子量，需要同时电泳分离一组标准蛋白质，取相对分子量的对数作为纵坐标，迁移率为横坐标，作图得到标准工作曲线方程。将待测蛋白质的迁移率带入方程，即可计算得相对其分子量END
标准蛋白样品的制备：根据待测样品的理论分子量或根据其他参数选用适宜大小的蛋白质分子量标准。
待测蛋白质样品的制备：取蛋白质样品加入等体积2×SDS-PAGE上样缓冲液，混匀，在沸水浴中加热3min。
电泳分离与染色：当电泳前沿（溴酚蓝指示剂）移动至胶边缘时，结束电泳，取下胶板，切去浓缩胶，将整块胶浸没在0.25%的考马斯亮蓝R-250中染色0.5-1h。取出凝胶，用水漂洗几次，然后加入脱色液，更换数次直至显现清晰的蛋白质区带。
蛋白质相对迁移率计算：Rf=蛋白质样品东的距离（cm）/指示染料移动的距离（cm）；分别求得标准蛋白和样品的Rf后，以分子量为纵坐标，Rf为横坐标，可以得带蛋白质分子量的标准曲线方程。将待测分子的Rf代入方程，可计算其分子量。
SDS的作用是破坏蛋白质的氢键和疏水键，并按一定比例（SDS浓度大于1mmol/L时，1g蛋白质约结合1.4gSDS）与蛋白质分子结合成复合物，使蛋白质带负电的量远远大于其本身的电荷量，掩盖了各种蛋白质分子间天然的电荷差异。
指示染料移动距离：从分离胶起点至指示剂前沿的距离；
蛋白质样品移动距离：从分离胶电泳起始部位至蛋白质染色区带前缘间的距离。