1.有心的训练师，会提前在自己的精灵球上面进行标记，以备不时之需。训练师其实是会在自己的精灵球上面进行标记的，动画里面暗示不多，但是确实是存在这种情况的，通过特殊的标记，标记精灵球。比如当时参加石英联盟的训练家阿弘，就是一个比小智要要有心很多的训练师，性格上也认真得多。他的办法就是在精灵球上面加上属于自己的记号，这样就可以防止精灵球和别人的精灵球相互混杂。（傻东西看到认真的训练师一脸懵逼）如上图所示，阿弘在自己的所有精灵球上都做了标记。这种星型的标记简单而易于识别，阿弘在之后轻易地找到了自己的精灵。所以，这种标记方法是训练师进行区分最为简单可行的方法。
2. 傻一些的训练师就只能采用一个一个试验的方法，美其名曰「靠直觉」。一个一个试验，是在没有提前标记好，同时又没有其他好办法时唯一的选择。就是一个一个地将精灵球中的精灵放出来，看看是不是自己要找的。小智（傻东西）就是这样一个二五眼训练师，既没有阿弘的好习惯，自己又无法识别自己的精灵球，更不用说精灵了，于是只能「相信自己的直觉」。但是，这种办法有着非常致命的缺点，就是正确率低得惊人。连智爷也知道正确率太低。然而事实就是这样，一个一个试验，是一种非常愚蠢的办法，可是没有更好的办法，智爷只能不断试验，这是最笨的方法，不推荐使用。
3. 借助精灵的帮助人类肯定是无法通过肉眼识别哪一个精灵球的，但是精灵是可以通过其他的方式分辨精灵球中的精灵。精灵球本身阻挡了视觉，但是无法阻挡精灵的嗅觉。于是，智爷又一次抱了皮神的大腿。皮神虽然是老鼠宝可梦，但是嗅觉确实是异常灵敏。对于几个精灵球闻了闻之后，就发现了装着妙蛙种子的精灵球。皮神貌似很熟悉妙蛙种子的味道，毕竟很长时间的搭档。智爷总算了抱上了皮神的大腿，提示智爷这个精灵球里面就是妙蛙种子。皮神还是厉害，这次一下就找到了妙蛙种子。
所以总结一下，在动画的设定里面人类除了事先的标记外，训练师很难通过肉眼的方式对于每一个精灵球和里面装的精灵进行分辨。但是，精灵球本身似乎不能阻挡气味，精灵们（如皮神）也可以通过嗅觉的方式区分每一只精灵球里面不同的精灵。