进入游戏，照例先是大木博士给介绍口袋妖怪的世界，然后是创建人物（留空的话就会有一个随机的中文名字）和劲敌（女的，以下以小夏称呼），这些大家都非常熟悉了。创建完成后正式开始游戏。
下楼和妈妈对话（可以不用），然后出门直奔上面的路口。在进入门口时大木博士出现了，把主角带到了他的研究所，然后让我们从右面桌子上的三个精灵球中选择一个作为初始的怪兽。从左到右依次是：妙蛙种子，杰尼龟，小火龙。主角选完之后，小夏也会紧接着选择一个属性克制主角的精灵。
拿完怪兽之后正准备出去，没想到小夏从身后追上来要求对战。也没什么别的招数，一直使用撞击就能结束战斗（胜负无所谓，个人认为赢了比较爽）。战斗之后主角可以回去和妈妈对话回复一下体力，然后往上走到1号公路。
穿过1号道路来到常磐市，往上的路有个老头挡着过不去，去商店（蓝色屋顶的建筑）和店员对话，她会叫主角把一个包裹给大木博士。
每到一定级数会解锁相应的阵容位置，在游戏初期玩家只有两三个位置可以使用。这样的话，玩家们就需要考虑如何布阵才能使自己顺利过关。后面随着训练师等级的提升，可携带的宠物也是会增多哦，最多可以上阵6只宠物的哦。
于是回到真新镇，将包裹交给大木博士，之后他会给主角5个精灵球和怪兽图鉴。接下来去研究所上面的博士家，小夏的姐姐会给主角城镇地图。次来到常磐市，和刚才挡路的老爷爷对话，他会教主角如何抓精灵。这时如果往左走进入到22号路，会和小夏对战，（可以不过去）去右面的道馆发现没有开门，于是继续往上走进入常磐森林。
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游戏时长不宜过度，会有害健康。