硫酸铜最主要的用途是杀原生虫，其次是控制藻类生长、赤潮生物危害，再次是杀灭真菌，此外可对付某些细菌。 承灭病原虫。
治车轮虫、隐鞭虫《鱼体感染后解丝鲜红多鞋液、包暗、无食饮、离群独游、得头)，值波豆虫(皮肤感染处灰白色、瘦明、得头、细丝红而充血发资，体黑暗)、斜管虫(感染爬和皮肤，分泌大量黏液且星灰白色，无力地挣扎于水面，搜弱，体色暗，直至死亡)，可用0.5毫克/升硫酸铜加0.2毫克升硫酸亚铁人缸，12小时之内对水1/3~1/2; 或8毫克/开硫酸铜浸浴15~30分钟(如水温大于250，不宜超过25 分钟)。
治淀粉卵状甲藻病(海水鱼休表、鳃、鳍等处有许多小白点，鱼呼吸加快，浮头，开鳃，张口，常擦痒，最后死亡) 和隐核虫病(鱼体表、眼角膜、鲭表、鳃均可长大小白点，黏液增多，水亦混浊，鱼体瘦弱，不吃食，浮头，最后死亡)，可用0.8~1毫克/升硫酸铜人缸。
石斑鱼白班病《白斑病由瓣体虫引起，危害和症状似前两者病鱼，但体表是连片的白斑，死鱼张嘴且胸鳍向前伸)，亦可用上述剂量来治，不见效时可用2毫克/升硫酸铜溶液药浴2 小时，次日再药浴2小时。
杀灭海水、淡水的杂溪和低等植物，用量: 海水为0.7~1.0毫克/升，淡水为0.4~0.7毫克升。但要把非耐粗放的鱼及其他的藻类、水草、珊瑚、螺、贝壳类及小生物(如虾、小蟹) 等移出缸外暂养，几天后对水并遗个别回缸，确认药性是否已退，无危险。
如果要急着移回原缸，则可投人表面刚锉过的细钢筋，让铁置换铜(又可为水草增加二价铁肥)。海水中赤潮虫，夜光虫等可按海水一般投药标准(0.8毫克升) 来治，此后要用活性炭包加强过滤。
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