相传此寺于公元1679年经清康熙皇帝批准，由五世达赖经占卜问卦亲自选址并赐名'噶丹·松赞林'，并仿布达拉宫式，依山布局，费用时三年建成。清雍正皇帝又赐汉名'归化寺'，并由其弟和硕果亲王赠书'慈云广覆'金匾一方。
松赞林寺占地500亩，筑有坚固的城垣，设城门五道。寺院依山而建，主寺扎仓寺和吉康寺是全寺的最高点，很远就可以看到主寺顶端的金铜宝塔。主寺为五层藏式雕楼建筑，主殿上层镀金铜瓦在高原的阳光下奕奕发亮，兽吻飞檐兼有汉式寺庙建筑的风格。下层大经堂由108棵柱楹支撑着，代表佛家吉祥数，大殿酥油灯灯火通明，可容纳1600多人跌坐诵经。回廊雕饰精美，壁画琳琅满目。松赞林寺寺内高悬着16幅五彩画轴，相传是用五世达赖喇嘛所赠金汁由高僧绘制而成。
以扎仓大殿为中心，下设的八大康仓犹如八瓣莲花，分别管理八个教区，与宗咯巴殿、护法神殿及活佛、僧人密修，显修的净室僧舍构成一片宏伟壮丽的建筑群，寺内深藏珍宝无数，为香格里拉雪域文化及昔日政教合一制度的最大载体。历史上出过不少蜚声藏区的大德高僧，17-18世纪先后诞生过三位藏传佛教格鲁派的最高法台――甘丹赤巴。松赞林寺中珍藏的文物颇多，最着名的为五世达赖和七世达赖时期的8尊包金释迦牟尼佛像，以及数十尊丽江木氏土司在清朝初年捐铸的铜像和金汁手书《甘珠尔》、贝叶经、黄金灯以及各种工艺精湛的鎏金或银质香炉。佛象座前酥油灯光闪烁，殿内光线昏暗，象征着佛将指点迷津、渡你踏上光明途程。每天清晨、中午和黄昏，钟鼓楼上传来一阵阵庄严肃穆的钟鼓之声，远传十里之外。
松赞林寺重大的宗教活动有藏历正月十五的迎佛会和农历十一月二十九日的'格冬节'，又名'跳神会'。 规模宏大，每次参观者不下万人。格冬是以九样食物烩煮聚餐的意思。
次日，各地的藏民制作好最美的食物，汇集到松赞林寺，观看喇嘛们表演热烈而神秘的面具舞蹈。这种舞蹈藏语称作'巴羌'，是为了驱除邪魔，庆祝当年的丰收，祈求来年吉祥如意的舞蹈。舞蹈中，僧众戴着面具，扮作各种神祗，按照寺内专用的舞谱，在鼓钹长号唢呐声中缓缓起舞。法号声惊天动地，声震十里。