水果酵素的制作，相对比较简单。将多种水果清洗后，切块混合，加入白糖进行发酵，为了让发酵速度更快，通常要加入特定的菌种。发酵时间一般在一个月到几年，发酵完成后灭菌调配口感就可以出厂了。 水果酵素与中药酵素就像普通面包与天然酵母面包的区别，普通面包用的是商业酵母，通常是一种酵母发酵。而天然酵母面包用的是大自然中的多种微生物进行发酵，口感更好，营养成分更丰富。这就是为什么天然酵母面包比较面包更好吃的原因。另外，除了工艺外，中药酵素所用的材料是药食同源的道地药材，经过中医大师组方，具有水果酵素无法比拟的调理身体的功效。 旗黄百草中药酵素的专家说，好的酵素，有“五看”，一要看种类，二要看产地，三要看原材料，四要看工艺，五要看生产条件。
方法/步骤
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看产地。发酵，特别是古法发酵，对环境要求很高，肮脏、嘈杂的环境中，发酵出侧趴来的酵素品质很差。好的环境发酵的品质更好。九宫山是天然酵池，非常有利于发酵。
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看原材料。优质的原料才能保质酵素的品质，大厂家像旗黄百草，使用的是经过湖北中医院主任药师冯汉鸽精挑细选的道地药食同源材料，而小厂家材料则无法保证。
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看工艺。新一代中药酵素，使用的是“九法修合”发酵工艺和现代工艺结合，工艺非常复杂，是非物质文化遗产。有的小厂家根本无工艺可谈，完全是粗放式的生产。
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看生产条件。好的厂家，一般是用GMP的标准来生产酵素，差的厂家一般就是在小作坊里生产。另外，好的酵素，闻起来应该八冲有一点类似酒的酵香味（真正的发酵，会产生酒精类物质，不过出厂时都去除掉了），还有一种淡淡的清香，尝起来酸酸甜甜，非常细艳披杰腻，像丝绸一般顺滑，很容易入口。
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