高压灭菌器总时间包括：热力穿透时间，即从消毒柜内达到灭菌温度至消毒物品中心部位亦达到灭菌温度所需时间。时间的长短取决于消毒物品的性质、包装的大小,放置位置和高压锅内空气排空程度和灭菌器的种类。 消毒维持时间，即杀灭微生物所需的时间，一般用杀灭脂肪嗜热杆菌芽胞所需时间来表示。在115℃时需30分钟，121℃时需12分钟，132℃时需2分钟。
安全时间，一般为维持时间的一半，其长短视消毒物品而定。对易导热的金属器材的灭菌，不需要安全时间。
消毒物品的初步处理清除污染前、后物品的盛器和运送工具应严格区分，并有明显标志，以防交叉感染; 针对接触过病原微生物的医疗器械、被单、衣物等均应先用化学消毒剂进行消毒，然后按照常规清洗; 如果是接触过传染病房用后的各类物品，要严格把关，先严密消毒、再清洗、消毒。常规清洗时，先用洗涤剂溶液浸泡擦洗，去除物品上的油污，血垢等污物，然后用流水冲净。对于有轴节、齿槽和缝隙等器械和其它物品，应尽可能张开或拆卸，进行彻底洗刷。洗涤后的物品应擦干，按各临床需要分类包装，以免再污染。
消毒物品的包装要采用双层包布白色棉布并且盛装容器选用要合适新包布应先洗涤去浆后再使用。物品包装用线绳捆扎，以不松动散开为宜，不宜过紧。包的体积不应超过火火公阴。使用容器盛装时，选用既可阻挡外界微生物侵入，又有较好的蒸汽穿透性。像特制的注射器灭菌盒、装敷料的贮槽等。民用铝盒因蒸汽难以进入，而盒内的空气又不易排出，按常规灭菌常不能达到灭菌效果。试验对比表明它的污染率大大高于医用铝盒。所以不要使用民用器械灭菌。
消毒物品装放应合理，过多或放置不当都可影响灭菌效果高压灭菌器消毒锅内物品不能过挤，不超过锅内容量。尽量将同类物品装一锅内灭菌。若有不同类物品装放一起，应以量难达到灭菌物品所需的温度和时间为准。物品装放时，上下左右均应交叉错开，留出缝隙，使蒸汽容易穿透。大消毒包应立着放上层，小包放下层大搪瓷盒和贮槽也应立着放布类和金属类物品同时灭菌，应将金属类物品包放在下层，使两者受热基本一致，并防金属物品灭菌中产生的冷凝水弄湿包布。
使用高压蒸汽消毒锅时，最关键是将锅内空气排尽如高压灭菌器锅内有空气，则气压针所指的压强不是饱和蒸汽产生的压强。相同的压强，混有空气的蒸汽其温度低于饱和蒸汽所产生的温度。如果压力未降到0时，打开高压灭菌器排气阀，就会因高压灭菌器锅内压力突然下降，使高压灭菌器内的物品由于内外压力不平衡而冲出。
灭菌时间热力穿透时间，即从消毒柜内达到灭菌温度至消毒物品中心部位亦达到灭菌温度所需时间。时间的长短取决于消毒物品的性质、包装的大小，放置位置和高压锅内空气排空程度和灭菌器的种类。消毒维持时间，即杀灭微生物所需的时间，一般用杀灭脂肪嗜热杆菌芽胞所需时间来表示。在115℃时需30分钟，121℃时需12分钟，132℃时需2分钟。安全时间，一般为维持时间的一半，其长短视消毒物品而定。对易导热的金属器材的灭菌，高压灭菌器不需要安全时间。
灭菌后消毒物品干燥，指示剂达到灭菌要求时即可出锅取无菌物品时，要严格无菌操作，开盖物品先将盖盖好，贮槽关闭好通气孔。物品应贮放在离地面食，离顶不少于食，离墙反处，以减少来自地面、屋顶与墙壁的污染。同时应分类放置、顺序发放取用。超过有效期炎热潮湿季节一般不超过七天、寒冷干燥季节可延长至天的物品应停止发放。
防止超热蒸汽高压灭菌器超热蒸汽温度虽高，但像空气一样，遇到消毒物品时不能凝成水，不能释放潜热，所以对灭菌不利。防止超热的办法是使用外源蒸汽灭器时，不要使夹层的温度高于消毒室的温度，两者应相近不要使压力过高的蒸汽进入消毒室内，吸水物品灭菌前不应过分干燥。高压灭菌器灭菌时不要用压力高的蒸汽加热到要求温度，然后再降压力。
注意安全每次灭菌前应检查高压灭菌器是否处于良好的工作状态，要特别留意安全阀是否良好。高压灭菌器消毒后减压不要过猛过快，等压力表回位时，方可以打开高压灭菌器锅门。如果高压灭菌器消毒锅内是瓶装溶液，且突然开锅，则玻璃骤然遇到冷空气易发生爆裂，必须注意如果突然把锅门开得太大，冷空气大量进人，易使包布周围蒸汽凝成水点而堵塞包布孔眼，阻碍包布内蒸汽排出，而使物品潮湿。
1、应由受过良好培训的人员负责高压灭菌器的操作和日常维护。
2、预防性的维护程序应包括：由有资质人员定期检查灭菌器柜腔、门的密封性以及所有的仪表和控制器。
3、应使用饱和蒸汽，并且其中不含腐蚀性抑制剂或其他化学品，这些物质可能污染正在灭菌的物品。
4、所有要高压灭菌的物品都应放在空气能够排出并具有良好热渗透性的容器中;灭菌器柜腔装载要松散，以便蒸汽可以均匀作用于装载物。
5、当高压灭菌器内部加压时，互锁安全装置可以防止门被打开，而没有互锁装置的高压灭菌器，应当关闭主蒸汽阀并待温度下降到80℃以下时再打开门。
6、当高压灭菌液体时，由于取出液体时可能因过热而沸腾，故应采用慢排式设置。
7、即使温度下降到80℃以下，操作者打开高压灭菌器门时也应当戴适当的手套和面罩来进行防护。
8、在进行高压灭菌效果的常规监测中，生物指示剂或热电偶计应置于每件高压灭菌物品的中心。最好好在装载时用热偶计和记录仪进行定时监测，以确定灭菌程序是否恰当。
9、高压灭菌器的排水过滤器(如果有)应当每天拆下清洗。
10、应当注意保证高压灭菌器的安全阀没有被高压灭菌物品中的纸等堵塞。