急性炎症时，扁桃体实质内充血，有多形核白细胞浸润，在粘膜表面，可见黄白色斑点。扁桃体明显肿胀，并可形成多数小脓肿。小窝内由纤维素、脱落上皮和脓细胞等组成的脓性渗出物向小窝口排出，故在扁桃体小窝口可见脓点。慢性炎症的病理改变明显，淋巴细胞、网状细胞增生活跃，扁桃体肥大。小窝粘膜上皮增厚、表面角化过度或形成小溃疡。角化物、炎性渗出物、脱落上皮细胞、白细胞?细菌等混合形成干酪样物的栓子，塞于小窝口。长期炎症可致扁桃体内小血管闭塞，淋巴组织变性，逐渐为结缔组织代替，此后扁桃体日益缩小，最后导致扁桃体纤维化。小窝口因瘢痕而狭窄，其内容物难以排除，常成为病灶。
急性扁桃体炎有传染性，潜伏期约3～4天，春秋两季发病率较高，青年期发病较多，少年儿童次之,50岁以后很少。症状轻重不一。由病毒引起者,局部及全身症状皆较轻，扁桃体充血，表面无渗出物。由细菌所致者症状较重，起病较急，可有恶寒及高热，体温可达39～40℃。幼儿可因高热而抽搐。咽痛明显，吞咽时尤重,甚至可放射到耳部。病程约7天左右。检查见扁桃体显著肿大、充血、小窝口有黄白色点状脓性渗出物，粘膜下可见因滤泡化脓而形成的黄白色隆起。点状渗出物可连成片，称假膜，但假膜扩展不超出扁桃体范围，易拭去，拭去后粘膜不出血。这点可与咽白喉相鉴别。同时可见下颌角淋巴结肿大，压痛。血中白细胞高，可以出现短暂轻度蛋白尿。
慢性扁桃体炎局部多无明显自觉症状，时有咽干、异物感、发痒等，常有急性发作史。儿童扁桃体过度肥大可影响呼吸和吞咽。若腺样体也大时，则致鼻堵、打鼾。因小窝内细菌及毒素吸收，可致头痛、乏力及低热等。检查可见舌腭弓慢性充血、扁桃体肥大；病程长者，扁桃体不大，甚至萎缩，但小窝口有干酪样脓栓。
急性扁桃体炎有传染性，应适当隔离。因本病多为链球菌感染，可使用抗生素或磺胺药。此外，应注意休息、通大便、多饮水、冷流食，并给适量退热止痛药、漱口药水等，多数患者可在1周左右恢复。
慢性扁桃体炎尚无肯定有效的保守疗法，但中药、扁桃体局部用药、冷冻、理疗等皆有人试用。也可进行扁桃体切除术。过去，为防止扁桃体病灶引起严重并发病，扁桃体切除术甚为普遍。有人认为切除扁桃体可以影响局部免疫功能，但对全身免疫功能无影响。
以下情况可以行扁桃体切除术：
①反复急性发作或有扁桃体周围脓肿史者；
②可能是引起其他部位病变的原发病灶；
③影响正常呼吸或吞咽功能。为防止对免疫功能有不良影响,一般在6岁以前不行扁桃休切除术。影响吞咽及呼吸者，可以切除一侧扁桃体，以解除功能障碍。有出血倾向，继发病活动期手术可能造成继发病恶化以及病人健康条件不允许时，则不应手术。
扁桃体切除主要有两种方式，即剥离法和挤切法。剥离法对周围组织损伤小，可以适用于各种情况，故为多数医生采用。挤切法的最大优点是快，手术可在1～2分钟完成，但对粘连多、有过扁桃体周围脓肿史及可能有血管异常者不宜采用。扁桃体手术本身也可出现并发症，如术后出血、感染、局部损伤等。少数病例术后可出现咽干、咽部淋巴组织代偿性增生等。