由于分子的类型、体系和模拟算法,以及各种应用和精度要求,都有不同的计算特点,对计算机硬件(CPU、内存、硬盘、GPU)配置要求有很大的差异 ,那么如何选择好服务器/工作站的硬件配置,提高计算速度,缩短求解时间?
工具/原料
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UltraLAB图形工作站
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主要量子化学软件:Gaussian,GAMESS,MOLPRO,NWChem
以Gaussian为例,先看多核并行计算测试
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基于Gaussian 09版本分别用4核、8核、16核、32核、64核进行求解,从计算结果看,多核并行加速比很理想
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基于Gaussian 16版本多核并行计算测试分别用8核、16核、32核、44核进行求解,从计算结果看,多核并行加速比到32核很理想,44核已经对求解没有多大提升了
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量子化学算法、精度与计算成本
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原子体系规模、算法及硬件配置特点
量子化学计算硬件配置特点
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(1)不同算法的并行计算的核数加速比有所差异,不完全是线性的
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(2)最新CPU架构和提升频率,对缩短求解时间非常显著
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(3)精度高求解计算量大,对CPU频率和核数、内存容量、硬盘io要求均有很高要求
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(4)核数与内存比例为 1:4最为理想
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(5)支持Tesla K40或K80 的GPU计算,显存需12GB以上,但算法有局限性,同时性价比不好
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(6)组成集群的计算节点配置最好采用4核~10核超高频,效率最高
基于量子化学计算,UltraLAB图形工作站分析
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与市场常规机型配置相比,UltraLAB工作站提供的CPU频率和存储io更高,配置均衡合理,保证了机器硬件性能最大化,求解时间更短。END
注意事项
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(1)全部采用最新intel硬件架构
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(2)提供不用规模的高效完美硬件配置,满足不同算法和精度计算需求
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(3)每个配置架构,CPU频率达到极致,提升性能关键指标
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(4)足够多核数,并行存储高io,满足高精度计算,均衡无死角
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(5)整机全部提供系统优化,大幅提升计算速度
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(6)支持GPU计算扩展
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