如何用Cytoscape筛选

做完microRNA芯片测序之后预测microRNA的靶基因，筛选重要的靶基因进行验证是研究中的常见套路

先在Pubmed上找了一个microRNA的数据包GSE72199[2]，GEO2R筛选了差异表达的microRNA

随便找了P值最小的5个，然后去TargetScan（http://www.targetscan.org/）上进行了靶基因预测。

如果确实需要进行靶基因预测并进行验证的话，还是需要多个工具一起使用取交集的，常用的有TargetScan、Mirtrail、Mirdb和MiRbase等

处理好了之后，我们需要对Nodes和Edges进行个性化的标注。

mRNA还是microRNA；mRNA的颜色随Cumulative weighted context++渐变。Edges的注释为：作用关系随Cumulativeweighted context++ score渐变（可以是颜色也可以是线条粗细）。