随手清洁。这样可以给幼龟创造一个更健康的环境，也可以延长两次大扫除之间的间隔时间。因为水龟不能产生唾液，所以它们只能在水中进食。不过这样会让食物残渣很快腐烂，弄脏水箱。海龟进食完后，用网把食物残渣捞干净。每隔4-5天，用虹吸式鱼缸吸尘器清理一次基质（也就是水箱底部的岩石或砾石）。用一个挤压球启动虹吸管，再把软管末端放到水箱下面的桶里。重力会让水从水箱流向水桶。为了提高效率，可以使用虹吸把部分的水换掉。只要保证吸了足够的水（见下文），把你想清理的东西都吸走就好了。
定期清洗或更换滤料。过滤器内的滤料是用来过滤污垢、未食用的食物以及粪便的。如果是海绵，每周用水冲洗一次。不要用肥皂。泡沫过滤器也可以清洗，或者如果你用的是过滤线、塑料填充物或木炭，每周更换一次。过滤器充满细菌，所以一定要注意：在清洗之前拔掉过滤器插头。远离食物和准备食物的地方。手上有割伤或擦伤的时候，戴上手套或者先不要清洗过滤器。清洗完过滤器后，用肥皂水清洗手臂和手。把溅上脏水的衣服换下来清洗。
可以测测水质，确保换水次数足够。特别是在刚开始的时候，要密切注意水箱的水，保持它的洁净。强烈的气味或变色意味着需要彻底换水和清洗水箱。水的pH值（用来衡量酸碱度）应该在5.5-7之间。在宠物店买一个pH值测试包，第一个月每4天测一次水，确保pH值保持在合适的水平。
换完所有的水后，对水箱进行清洗和消毒。可以每45天左右进行一次，不过要保证加入的消毒剂（大多数宠物店都有卖）对海龟是安全的。另外，如果想确保海龟的健康，你也可以增加消毒频率。如果有活的植物扎根在基质中，你就不能做彻底清洁。在这种情况下，你要更密切地监测水质，确保海龟的健康。
准备合适的清洁和消毒用品。你需要提前准备好清洁用品，并在远离食物准备区的地方进行清洁。一定要用从宠物店买的对海龟无害的消毒剂，或者用半杯漂白剂加四升水自制漂白剂。其他的清洁用品包括：海绵刮刀（比如油灰刀）装肥皂水和清水的碗纸巾垃圾袋喷雾瓶或一碗消毒剂和一碗清水。一个大的容器，用来浸泡人造植物、岩石和海龟的陆地区域
彻底清洗水箱。首先需要把海龟移走，放到一个单独的水桶里。从水箱里倒一些水到水桶里，可以盖住海龟就行。然后开始清洗水箱、陆地区域、基质和其他表面（也就是加热器）。为避免污染，使用浴缸或浴室的水槽，不要用厨房的水槽。拔掉所有电器设备（加热器、过滤器、灯等）的插头并把它们移开。用肥皂水和消毒剂喷雾清洁水下电气设备的表面。彻底冲洗干净。把陆地区域移开。用肥皂水清洗，然后在消毒剂中浸泡10分钟。最后彻底冲洗干净。把基质移开。用肥皂水清洗，然后在消毒剂中浸泡10分钟。最后彻底冲洗干净。用肥皂水和海绵清洗水箱。加入消毒剂（1份漂白剂加9份水），静置10分钟。倒空后彻底冲洗干净。把水箱里的东西都换掉。海龟放回水箱之前，确保水温合适。清洁时一定要戴上手套或者在清洗后彻底洗手，避免感染沙门氏菌等疾病。