围产期伤害：有围产期伤害的孩子较易得病自闭症，而母亲怀孕期有麻疹病毒或流行性感冒病毒感染所产下的小孩约5%有自闭症，也许围产期伤害是非特异性的，但它所造成脆弱性自闭症易于发生。
器质性因素：如脑损伤、母孕期风疹感染，生下后患过脑膜炎、脑炎等。近年来，研究发现本症患儿脑室左颞角扩大较多见，提示颞叶内侧结构的病变， 可能是由于脑组织的变态反应所致。最近的研究证明，患幼年孤独症的儿童，其免疫系统可能将一个基本的脑蛋白误为异体，而被吞噬掉。因此导致脑损伤，可能是 造成此病的特征。此病同时出现情绪、智力和交际的缺陷，亦是与脑病变有关。
遗传：由疾病盛行率之调查资料来看，典型的自闭儿的家庭自闭症发生率约为2%，是一般人口自闭症发生率万分之10-15的13-20倍。由双胞 胎之研究发现，同卵双胞胎中一名患有自闭症，另一名同时罹自闭症的比率为36%，比异卵双胞胎之趋近零高出相当多，若将和自闭症相关的其它障碍，如先天性 失语症，特殊学习障碍、语言发展迟滞或其它类型认知障碍一同列入比较，则同卵双胞胎同时出现障碍的比率为80%，仍比异卵双胞胎的25%为高。由语言障碍 的家族发生率来比较，自闭症的家族为15%，比唐氏症的家族3%高。此外，自闭症发生率明显的性别差异等等，这些研究资料都一再显示出遗传是导致自闭症发 生的重要因素。
神经学研究：有许多学者试着从神经学的研究来探讨自闭症的原因而发现：20%的自闭儿有不正常的脑波，20%的自闭儿在青春期出现癫痫，约有三 分之一的自闭儿脑中serotonin的浓度升高，有一部分的自闭儿有优势半脑反转成大脑侧化不明显的情形，也有一部分自闭儿的「脑干听觉诱发电位」不正 常，这些资料显示着脑功能的异常和自闭症的发生息息相关，但它确切的临床意义则尚未明确。
环境因素：过去有人认为早年生活环境中冷淡的和过分理智化的抚育方法，缺乏丰富和适当的刺激，没有教以社会行为，是发病的重要因素。长期处在单 调环境中的儿童，会用重复动作来进行自我刺激，对外界环境就不发生兴趣。本症患儿的父母大多是专业技术人员，受过高等教育，比较聪明，但做事刻板，并有强 迫倾向，对孩子冷淡和固执，家庭缺乏温暖。现在，否定了这种看法。经研究证实，是由于某种脑病变的关系，其发生原因，是病毒，还是代谢失调，目前尚无定 论。
自闭症是孩子成长的绊脚石。它的危害不仅仅局限于对孩子的社交的影响，还会给孩子的性格和心理造成阴影。