一级预防又称初级预防或病因预防，即首先找出各种胆囊结石高发的危险因素，再去采取预防措施，从源头上降低胆囊结石的发生。一级预防当然是最重要最积极的防治措施，即从第六个F（Free，生活、饮食不规律）入手，倡导健康的生活方式，并需全社会和每个人的充分合作。1.进食有规律，这是预防结石的最好方法。饮食要定时、定量。特别需要强调的是要重视早餐，因为空腹时胆汁分泌减少，而胆固醇含量不变，形成高胆固醇胆汁; 加之不吃早餐和饮食不规律者，胆囊不能及时排空，容易使胆汁浓缩和胆固醇沉积，久之易形成结石。2.饮食要有节制，不要偏食，避免暴饮暴食。平时以低脂肪、低胆固醇食物为主，宜多食高纤维的清淡易消化食物。严格控制食用肥肉、辛辣食物、油炸食品，以及含油脂多的干果、及蛋黄、动物内脏、鱼子等，多食新鲜蔬菜水果。3. 肥胖是胆结石的危险因素。强调养成良好的饮食和运动习惯，使体重保持在健康的范围内。4. 经常做一些体力活动,维持理想体重,防止便秘。特别是脑力劳动者和上班老是坐着不动的中年人,更要有意识地多做运动,避免长时间坐着,防止过度肥胖。5.注意平时多饮水，改善情绪，充足睡眠。长期精神紧张、抑郁失眠等可导致内脏机能紊乱，促使结石形成。
二级预防是指早发现、早诊断及早治疗。在胆囊结石形成和发展过程中限制(或逆转)由结石所造成的对身体进一步损害，这点也很重要，是不可缺少的措施。 对于胆囊结石，根据病人的不同情况采取个性化、人性化的处理，不搞“一刀切”。如果胆囊功能良好、且患者有保胆愿望和要求，就应尽量保留胆囊，去除结石，并采取有效措施预防和减少胆囊结石的复发；对无功能的胆囊甚至胆囊癌和癌前病变，要毫不犹豫的切除。保胆与切胆是辩证的统一，该保则保，当切则切，保切共存。保胆不是对胆囊切除的否定，而是在其基础上的进一步发展和升华，保胆是胆囊结石疾病治疗新百年的再次飞跃, 也是对无症状胆囊结石的二级预防。
三级预防则是指积极康复及防止胆囊结石对身体造成严重损害。这需要多方通力协作，需要社会保障，应由医生、护士、及家庭的参与。对于一些已经引起比较严重后果的胆囊结石，需要及时的手术治疗，如胆囊切除，来防治其对身体造成的进一步损害，如胆囊结石引了急性胆囊炎，胆囊水肿，胆囊萎缩，胆囊功能丧失，胆囊高度怀疑癌变者。