事起必有因，原发性三叉神经痛必有其原因。医学上对于原发性三叉神经痛的病因尚不明确，也没有统一的认识。三叉神经痛的出现多是因为患者触碰了扳机点而导致，在临床上有很多患者因为疾病的出现而不敢吃饭、刷牙、说话等等。
三叉神经痛的原因
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(1)周围病原学说：任何部分的三叉神经末梢的脑干病变可刺激三叉神经，引起生理功能紊乱和中枢神经系统有机的变化，导致在三叉神经分布区域内的阵发性疼痛的理论范围。 (2)中枢病因学说：原发性三叉神经痛的病因?三叉神经系统中枢部的脑内核团，三叉神经脊束核丘脑及大脑皮质均可因周围病变刺激及中枢本身的伤害性刺激，而导致三叉神经痛。
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(3)变态反应学说：1967年Hanes根据具有突发性和可逆性的三叉神经痛，提出了三叉神经痛是一种与过敏性疾病。 (4)病毒感染学说：大脑皮层是最高的中央体感，长期以来，对疼痛的三叉神经系统任何部位的病变，是由大脑皮层反射。如疱疹和带状疱疹病毒感染，路径沿三叉神经系统和侵入皮层脑三叉神经分布对应于三叉神经痛。
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(5)家族遗传学说：目前已在临床报道，一个7口之家的兄弟姐妹们，其中三叉神经痛6例，2例双侧疼痛。另一个家庭，和3个孩子的母亲和6个孩子患有三叉神经痛，其中2例双侧疼痛。所以想三叉神经痛和遗传。许多研究者认为该病与遗传因素与人类的关系不大。(6)综合病因学说：各种理论都没有很好的解释了三叉神经痛的病因。所以多特(1951)引起脑干三叉神经痛，行动或扣动扳机点可以通过短脉冲的产生(短路)叠加迅速在脑干，可以造成极大的痛苦。
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